| dc.description.abstract | Cronobacter spp. adalah bakteri patogen bawaan pangan emerging
penyebab necrotizing enterocolitis, bacteremia, septicemia dan meningitis pada
kelompok bayi tertentu yang telah dihubungkan dengan konsumsi susu formula
bubuk. Bakteri tersebut dilaporkan mampu menyintas beberapa kondisi stres
lingkungan seperti stres kekeringan, stres osmotik, suhu tinggi serta pH rendah.
Isolat lokal C. sakazakii strain Yrt2a dan strain E2 telah ditemukan dapat
memasuki kondisi VBNC (viable but non culturable) karena stres kekeringan.
Gen rpoS diketahui sebagai gen regulator stres sedangkan hfq adalah gen stres
yang juga berperan pada virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi
keberadaan gen terkait stres yakni hfq, rpoS, dan grxB pada sepuluh isolat lokal C.
sakazakii. Tahapan penelitian meliputi persiapan kultur isolat lokal C. sakazakii,
verifikasi metode ekstraksi DNA dengan phenol-chloroform-isoamylalcohol dan
chelex100, analisis konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi, optimasi suhu
annealing primer dan deteksi gen target dengan Polymerase Chain Reaction
(PCR), serta visualisasi produk PCR dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa metode ekstraksi chelex100 lebih efektif
menghasilkan DNA dengan kemurnian 1.8 – 2.0. Suhu annealing optimal adalah
55oC untuk hfq dengan konsentrasi primer 0.5 μM, 52oC untuk rpoS dengan
konsentrasi primer 0.5 μM, dan 57oC untuk grxB dengan konsentrasi primer 0.5
μM dan 0.1 μM. Seluruh (n=10) isolat lokal C. sakazakii memiliki target gen hfq,
rpoS, dan grxB. Hal ini mengindikasikan bahwa bakteri tersebut memiliki potensi
untuk menyintas kondisi stres. | id |
