Skrining Keberadaan Gen Terkait Stres pada Isolat Lokal Cronobacter sakazakii.

Abstract

Cronobacter spp. adalah bakteri patogen bawaan pangan emerging penyebab necrotizing enterocolitis, bacteremia, septicemia dan meningitis pada kelompok bayi tertentu yang telah dihubungkan dengan konsumsi susu formula bubuk. Bakteri tersebut dilaporkan mampu menyintas beberapa kondisi stres lingkungan seperti stres kekeringan, stres osmotik, suhu tinggi serta pH rendah. Isolat lokal C. sakazakii strain Yrt2a dan strain E2 telah ditemukan dapat memasuki kondisi VBNC (viable but non culturable) karena stres kekeringan. Gen rpoS diketahui sebagai gen regulator stres sedangkan hfq adalah gen stres yang juga berperan pada virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen terkait stres yakni hfq, rpoS, dan grxB pada sepuluh isolat lokal C. sakazakii. Tahapan penelitian meliputi persiapan kultur isolat lokal C. sakazakii, verifikasi metode ekstraksi DNA dengan phenol-chloroform-isoamylalcohol dan chelex100, analisis konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi, optimasi suhu annealing primer dan deteksi gen target dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), serta visualisasi produk PCR dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode ekstraksi chelex100 lebih efektif menghasilkan DNA dengan kemurnian 1.8 – 2.0. Suhu annealing optimal adalah 55oC untuk hfq dengan konsentrasi primer 0.5 μM, 52oC untuk rpoS dengan konsentrasi primer 0.5 μM, dan 57oC untuk grxB dengan konsentrasi primer 0.5 μM dan 0.1 μM. Seluruh (n=10) isolat lokal C. sakazakii memiliki target gen hfq, rpoS, dan grxB. Hal ini mengindikasikan bahwa bakteri tersebut memiliki potensi untuk menyintas kondisi stres.