Identifikasi Keragaman Genetik Sapi Wagyu Melalui Penciri D-loop DNA Mitokondria.

Abstract

Sapi wagyu telah dikembangkan di Indonesia untuk menghasilkan daging dengan intensitas marbling atau lemak intramuskular yang tinggi. Keaslian dari identitas sapi wagyu kerap dipertanyakan, sehingga penelitian untuk menggali informasi genetik sapi wagyu perlu dilakukan. Sifat-sifat D-loop mtDNA dapat digunakan untuk mengungkap identitas keaslian individu atau spesies. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi keragaman genetik sapi wagyu menggunakan penciri D-loop mtDNA dan mengetahui keaslian bangsa sapi wagyu serta menentukan kekerabatan dengan sapi-sapi lokal Indonesia. Sampel yang digunakan yaitu 3 ekor sapi wagyu, 5 ekor sapi SO, 1 ekor sapi PO, dan 1 ekor sapi bali. Sampel diamplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan dilanjutkan dengan sequencing. Sekuen utuh daerah D-loop mtDNA sapi wagyu telah didapatkan sepanjang 1 145 bp dari acuan Bos indicus (kode akses AY126697), kemudian dicari kedekatannya dengan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) yang terdapat di NCBI. Sekuen D-loop parsial sepanjang 512 bp dianalisis jarak genetik, komposisi basa nukleotida dan pohon filogenetik dengan aplikasi MEGA versi 6. Berdasarkan hasil yang didapat, susunan basa nukleotida daerah D-loop DNA mitokondria sapi wagyu yang diamati mempunyai perbedaan satu sama lainya dan terbagi ke dalam 3 klaster pada pohon filogenetik. Sapi wagyu 1 memiliki kedekatan genetik dengan moyangnya, sedangkan sapi wagyu 2 dan 3 tidak memiliki kedekatan genetik dengan moyangnya dan sudah berhibridasi dengan sapi-sapi lokal di Indonesia.