Karakterisasi Aspergillus flavus Non-Aflatoksigenik pada Oncom dengan Metode Whole Genome Sequencing

Abstract

Oncom merupakan pangan fermentasi tradisional yang berpotensi terkontaminasi kapang toksigenik penghasil aflatoksin akibat proses produksi yang masih dilakukan secara terbuka. Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi Aspergillus flavus non-aflatoksigenik pada oncom merah dan oncom hitam melalui pendekatan Whole Genome Sequencing (WGS). Sampel dikumpulkan dari tiga produsen di Bogor Barat, kemudian dilakukan isolasi pada media DRBC dan SDA, diikuti identifikasi morfologi makroskopis dan mikroskopis. Uji potensi aflatoksin dilakukan menggunakan Coconut Agar Medium (CAM) dan dikonfirmasi dengan High Performance Liquid Chromatography (HPLC), sementara analisis genom dilakukan melalui WGS untuk identifikasi spesies dan karakteristik genetik. Hasil penelitian menunjukkan adanya keragaman kapang, yaitu Aspergillus sp., Neurospora sp., dan Rhizopus sp. Uji CAM menunjukkan adanya fluoresensi pada beberapa isolat yang mengindikasikan potensi aflatoksigenik, namun hasil HPLC menunjukkan kadar aflatoksin total berada di bawah batas deteksi (<2,00 µg/kg). Analisis WGS mengidentifikasi isolat sebagai Aspergillus flavus dengan kualitas data tinggi dan cakupan genom yang luas. Analisis genom menunjukkan keberadaan beberapa gen yang terkait dengan biosintesis aflatoksin, yaitu aflR, aflS, aflD, aflM, aflO, aflP, dan aflQ, serta variasi genetik yang didominasi oleh upstream gene variant, synonymous variant, dan missense variant. Analisis antiSMASH juga mengidentifikasi keeradaan Biosynthetic Gene Cluster (BGC) tipe T1PKS yang berpotensi menghasilkan metabolit sekunder berbasis poliketida. Meskipun demikian, isolat tetap dikategorikan sebagai non-aflatoksigenik yang diduga berkaitan dengan variasi genetik dan tidak lengkapnya jalur biosintesis aflatoksin.

Kata kunci: Aspergillus flavus, aflatoksin, oncom merah, oncom hitam, Whole Genome Sequencing.