Perancangan Primer DNA Mitokondria Spesifik Alopias pelagicus untuk Identifikasi LAMP Kolorimetri
Date
2023Author
Balfas, Aliyah
Abdullah, Asadatun
Rianti, Puji
Jacoeb, Agoes
Metadata
Show full item recordAbstract
Alopias pelagicus atau yang biasa dikenal di Indonesia dengan nama hiu
monyet atau hiu tikus yang memiliki status konservasi yang sudah terancam punah
(endangered). Identikasi produk ikan hiu olahan lebih sulit dilakukan dan
membutuhkan metode yang lebih akurat karena ikan telah menjadi bentuk potongan.
Metode deteksi cepat yang dapat dikembangkan dan berpotensi untuk digunakan
langsung di lapangan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP)
kolorimetri. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesies spesifik dua
marka gen, yaitu COI dan NaDH Subunit II dan optimasi proses amplifikasi
isothermal spesifik pada ikan hiu Alopias pelagicus serta aplikasinya untuk produk
hasil perikanan. Metode yang digunakan adalah ekstraksi DNA, desain primer
secara in silico, pengujian LAMP kolorimetri, dan analisis data. Hasil penelitian
diperoleh set primer gen COI dan NaDH Subunit II yang memiliki spesifitas terbaik
dan dibuktikan secara in-vitro menggunakan metode LAMP kolorimetri. Primer
LAMP spesifik menggunakan marka DNA mitokondria COI dan NaDH Subunit II
dengan metode loop-mediated isothermal amplification (LAMP) serta memenuhi
parameter ideal primer. Pengujian lanjut secara in-vitro menggunakan LAMP
dengan optimasi berupa variasi perlakuan suhu dan pilihan set primer yang
digunakan memberikan hasil uji in-vitro yang spesifik hanya untuk target Alopias
pelagicus pada produk fillet hiu.