Perancangan Primer DNA Mitokondria Spesifik Alopias pelagicus untuk Identifikasi LAMP Kolorimetri

Abstract

Alopias pelagicus atau yang biasa dikenal di Indonesia dengan nama hiu monyet atau hiu tikus yang memiliki status konservasi yang sudah terancam punah (endangered). Identikasi produk ikan hiu olahan lebih sulit dilakukan dan membutuhkan metode yang lebih akurat karena ikan telah menjadi bentuk potongan. Metode deteksi cepat yang dapat dikembangkan dan berpotensi untuk digunakan langsung di lapangan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP) kolorimetri. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesies spesifik dua marka gen, yaitu COI dan NaDH Subunit II dan optimasi proses amplifikasi isothermal spesifik pada ikan hiu Alopias pelagicus serta aplikasinya untuk produk hasil perikanan. Metode yang digunakan adalah ekstraksi DNA, desain primer secara in silico, pengujian LAMP kolorimetri, dan analisis data. Hasil penelitian diperoleh set primer gen COI dan NaDH Subunit II yang memiliki spesifitas terbaik dan dibuktikan secara in-vitro menggunakan metode LAMP kolorimetri. Primer LAMP spesifik menggunakan marka DNA mitokondria COI dan NaDH Subunit II dengan metode loop-mediated isothermal amplification (LAMP) serta memenuhi parameter ideal primer. Pengujian lanjut secara in-vitro menggunakan LAMP dengan optimasi berupa variasi perlakuan suhu dan pilihan set primer yang digunakan memberikan hasil uji in-vitro yang spesifik hanya untuk target Alopias pelagicus pada produk fillet hiu.