Optimasi Suhu Annealing dan Konsentrasi Primer untuk Deteksi Kualitatif Cronobacter spp. Menggunakan Metode PCR Multipleks

Abstract

Cronobacter spp. adalah bakteri patogen oportunistik yang mampu membahayakan hidup dengan menyebabkan penyakit meningitis, bakterimia, dan necrotizing enterocolitis. Metode deteksi Cronobacter spp. terus dikembangkan untuk memperoleh hasil yang spesifik dan waktu uji yang singkat, salah satunya dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Tujuan penelitian ini adalah memperoleh suhu annealing dan konsentrasi primer yang optimum untuk deteksi kualitatif Cronobacter spp. menggunakan metode PCR Multipleks dengan beberapa kombinasi gen target, yaitu hfq, ompA, dan grxB. Pada penelitian ini digunakan 13 isolat bakteri Cronobacter spp. yang diisolasi dari beberapa produk MP–ASI, maizena, susu formula, pati singkong, tepung terigu, dan merica bubuk. Hasil optimasi kondisi running PCR multipleks dengan suhu annealing (52, 55, 57ºC) dan konsentrasi primer (0.1 μM; 0.3 μM; 0.5 μM) menunjukkan hasil amplifikasi terbaik pada suhu 57ºC dengan konsentrasi primer hfq 0.1 μM dan grxB 0.5 μM.