Deteksi Salmonella Enteritidis menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Label Fluoresens Probe

Abstract

Pengembangan metode serotyping untuk deteksi S. Enteritidis secara molekular menggunakan real-time polymerase chain reaction (rt-PCR) diperlukan untuk acuan data yang digunakan pada identifikasi dan karakterisasi risiko pada serovar spesifik Salmonella di Indonesia, Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan probe yang digunakan, menentukan sensitivitas berupa evaluasi limit deteksi dan efisiensi metode, serta uji coba metode untuk deteksi S. Enteritidis pada sampel karkas ayam. Tahapan penelitian diawali dengan uji spesifisitas primer dan probe secara in silico dan in vitro, setelah itu dilanjutkan dengan uji sensitivitas limit deteksi menggunakan kultur murni S. Enteritidis dan uji coba metode pada sampel karkas ayam. Uji spesifisitas menunjukan bahwa penggunaan probe sebagai label fluoresen lebih spesifik daripada penggunaan SYBR Green. Metode ini dapat mendeteksi DNA bakteri sampai 0.00022 ng/μL atau setara dengan 3.8 × 101 sel/mL, jauh lebih sensitif daripada metode deteksi menggunakan SYBR Green yang menghasilkan limit deteksi 2.6 × 104 sel/mL. Uji coba metode pada sampel menggunakan metode ini menghasilkan 1 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar swalayan dan 3 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional di Bogor. Metode ini dapat mendeteksi S. Enteritidis dengan cepat dan akurat serta memungkinkan deteksi kuantitatif S. Enteritidis pada karkas ayam secara spesifik dan sensitif.