Identifikasi Keragaman Haplotipe Gen CD1B pada Ayam IPB-D1 dan Ayam Sentul Terseleksi (Sensi-1 Agrinak).

Abstract

Gen Cluster of differentiation 1B (CD1B) merupakan salah satu gen mayor ketahanan tubuh yang berfungsi dalam merepresentasikan antigen bakteri melalui respon imun spesifik. Gen tersebut juga berperan dalam produksi antibodi imunoglobulin yolk (IgY) melalui mekanisme sel limfosit B. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen CD1B pada ayam IPB-D1 dan ayam sentul terseleksi (Sensi-1 Agrinak) yang dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik ketahanan tubuh ayam. Penelitian dilakukan dengan metode sekuensing dan analisis data menggunakan program BLAST, FinchTV, dan MEGA7. Hasil penelitian menemukan 5 titik pada ekson 3 yaitu posisi basa c.292 T>C, c.429 G>A, c.441 T>A, c.467 A>G, c.491 C>G. Kombinasi 5 SNPs membentuk 12 haplotipe (bentuk-bentuk alternatif gen akibat perubahan urutan DNA). Semua mutasi bersifat polimorfik, berada dalam kesetimbangan Hardy Weinberg dan beragam, kecuali mutasi c.491 C>G keragamannya rendah dan tidak berada dalam kesetimbangan Hardy Weinberg.