Isolasi dan Karakterisasi Sekuen Parsial Gen Penyandi Glucose Transporter 1 pada Ikan Gurami Osphronemus goramy
Abstract
Ikan gurami merupakan ikan herbivora asli Indonesia dan mampu
memanfaatkan karbohidrat dengan baik. Evaluasi terhadap kemampuan
pencernaan karbohidrat pada ikan dapat dilakukan dengan memanfaatkan gen-gen
yang berperan dalam proses metabolisme karbohidrat. Glucose transporter 1
merupakan salah satu gen yang berperan aktif dalam proses metabolisme
karbohidrat pada ikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan
mengkarakterisasi sekuen gen penyandi glucose transporter 1 dari ikan gurami
Osphronemus goramy. Isolasi gen glucose transporter 1 dilakukan pada cDNA
yang berasal dari organ hati. Hasil isolasi sekuen parsial gen glucose transporter 1
pada ikan gurami, diperoleh susunan nukleotida yang diperoleh sepanjang 434 bp.
Analisis basa nukleotida dengan fasilitas BLAST® pada NCBI menunjukkan
susunan nukleotida gen glucose transporter 1 ikan gurami memiliki kesamaan
yang tinggi dengan gen glucose transporter 1 ikan kerapu muara Amphiprion
ocellaris (91%) dan ikan mas Cyprinus carpio (85%). Pada susunan asam amino,
gen glucose transporter 1 ikan gurami memiliki kesamaan yang tinggi dengan
ikan kerapu muara Epinephelus coioides (95%) dan ikan zebra Danio rerio (90%).
Analisis domain protein dilakukan untuk menunjukkan domain protein khas pada
sekuen gen glucose transporter 1 ikan gurami. Hasil analisis menunjukkan adanya
famili dari domain major facilitator superfamily (MFS) pada susunan nukleotida
yang diperoleh, yaitu sugar transporter. Analisis pohon filogenetik terhadap gen
glucose transporter 1 ikan gurami diperoleh bahwa jarak genetik gen glucose
transporter 1 ikan gurami dari spesies ikan lainnya bernilai 0,0180.