Identification of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 5’UTR of Stearoyl-CoA Desaturase (SCD) in Bali Cattle

Abstract

Sapi bali adalah salah satu sapi asli Indonesia, yang didomestikasi dari banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki potensi untuk menghasilkan kualitas daging yang baik. Gen SCD adalah salah satu gen yang berperan dalam menentukan kualitas daging dengan mengubah asam lemak jenuh menjadi asam lemak tak jenuh. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variasi SNP 5’UTR gen SCD di sapi bali. Sebanyak 25 sampel sapi bali disekuensing menggunakan jasa 1st Base Selangor, Malaysia dan 16 sampel berhasil disekuensing. Hasil sekuensing kemudian dianalisis menggunakan program FinchTV. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat 1 SNP yaitu pada posisi g.-134A>del gen SCD pada sapi bali yang dapat dijadikan sebagai kandidat marker assited selection pada sapi bali. SNP gen SCD sapi bali pada daerah 5’UTR bersifat polimorfik.