Isolasi dan Identifikasi Sekuen Parsial Gen Penyandi Enzim Histone Acetyltransferase-like pada Ikan Gurami Osphronemus goramy
Abstract
Ikan gurami merupakan salah satu komoditas budidaya air tawar di Indonesia.
Ikan gurami berpotensi untuk dijadikan ikan model pada studi mengenai dampak
rekayasa budidaya terhadap perkembangan benih dan larva. Gen penyandi enzim
histone acetyltransferase (HATs) berperan dalam proses regulasi ekspresi gen.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengidentifikasi sekuen parsial
gen penyandi enzim histone acetyltransferase-like pada ikan gurami. RNA total
diekstraksi dari organ hati ikan gurami. Primer degenerate oligonukleotida
diperoleh dengan menyejajarkan sekuen gen ikan takifugu Takifugu rubripes, ikan
sebelah Paralichthys olivaceus dan ikan salmon Atlantik Salmo salar
menggunakan perangkat lunak Bioedit v7.2. Dari analisis sekuensing diperoleh
susunan nukleotida berukuran 537 bp yang menyandikan 132 residu asam amino.
Analisis sekuen dengan BLAST® menunjukkan sekuen gen yang berhasil diisolasi
memiliki kesamaan dengan gen penyandi enzim HATs-like kakap putih Lates
calcarifer, ikan nila Oreochromis niloticus dan ikan salmon silver Oncorhynchus
kisutch dengan persentase kesamaan berkisar antara 91‒99%. Analisis pohon
filogenetik menunjukkan bahwa sekuen gen parsial yang diisolasi tersebut berada
dalam kelompok teleost dengan nilai bootstrap 64%, terpisah dengan kelompok
mamalia dengan nilai bootstrap 100%. Hasil ini membuktikan bahwa gen yang
diisolasi merupakan gen penyandi enzim HAT-like.
Collections
- UT - Aquaculture [2036]