Isolasi dan Identifikasi Sekuen Parsial Gen Penyandi Enzim Histone Acetyltransferase-like pada Ikan Gurami Osphronemus goramy

Abstract

Ikan gurami merupakan salah satu komoditas budidaya air tawar di Indonesia. Ikan gurami berpotensi untuk dijadikan ikan model pada studi mengenai dampak rekayasa budidaya terhadap perkembangan benih dan larva. Gen penyandi enzim histone acetyltransferase (HATs) berperan dalam proses regulasi ekspresi gen. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengidentifikasi sekuen parsial gen penyandi enzim histone acetyltransferase-like pada ikan gurami. RNA total diekstraksi dari organ hati ikan gurami. Primer degenerate oligonukleotida diperoleh dengan menyejajarkan sekuen gen ikan takifugu Takifugu rubripes, ikan sebelah Paralichthys olivaceus dan ikan salmon Atlantik Salmo salar menggunakan perangkat lunak Bioedit v7.2. Dari analisis sekuensing diperoleh susunan nukleotida berukuran 537 bp yang menyandikan 132 residu asam amino. Analisis sekuen dengan BLAST® menunjukkan sekuen gen yang berhasil diisolasi memiliki kesamaan dengan gen penyandi enzim HATs-like kakap putih Lates calcarifer, ikan nila Oreochromis niloticus dan ikan salmon silver Oncorhynchus kisutch dengan persentase kesamaan berkisar antara 91‒99%. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa sekuen gen parsial yang diisolasi tersebut berada dalam kelompok teleost dengan nilai bootstrap 64%, terpisah dengan kelompok mamalia dengan nilai bootstrap 100%. Hasil ini membuktikan bahwa gen yang diisolasi merupakan gen penyandi enzim HAT-like.