Verifikasi Metode Ekstraksi Fenol Kloroform untuk Isolasi DNA pada Daging dan Produk Olahan

Abstract

Ekstraksi DNA yang merupakan prosedur rutin dalam analisis molekular menjadi titik kritis dan sangat mempengaruhi hasil analisis. Salah satu metode ekstraksi yang banyak digunakan adalah metode fenol kloroform. Verifikasi terhadap metode ini sangat diperlukan untuk membuktikan bahwa laboratorium yang bersangkutan mampu melakukan pengujian menggunakan metode tersebut dengan hasil yang valid. Penelitian ini bertujuan memverifikasi metode ekstraksi DNA metode fenol kloroform pada daging segar dan daging olahan dengan menggunakan presisi ketertiruan (repeatibility), keseksamaan (reproducibility), dan ketangguhan metode (ruggedness). Tolak ukur analisis ini adalah kemurnian DNA yang diukur menggunakan spektrofotometer nanodrop. Berdasarkan hasil penelitian, uji presesi ketertiruan (repeatibility) yang dilakukan oleh seorang laboran dan uji presisi keseksamaan (reproducibility) yang dilakukan tiga analis yang berbeda menunjukkan nilai simpangan baku relatif (SBR) di bawah 5% pada tiap sampel yang diuji. Hal ini menunjukkan bahwa metode ekstraksi yang digunakan memiliki nilai presisi yang baik, sehingga hasil yang didapat akan sama walaupun dilakukan berulang dan oleh analis yang berbeda. Berdasarkan uji ketangguhan yang dilakukan menunjukkan bahwa volume fenol dan klororform isoamil alkohol (CIAA) optimal yang diberikan yaitu masing-masing 400 μL, serta bobot sampel yang digunakan yaitu 0.075 g untuk meningkatkan efisiensi metode.