Karakterisasi Histamine-Producing Bacteria dengan Metode PCR-Sequencing pada Ikan Salem dan Kembung

Abstract

Ikan golongan scombridae contohnya ikan salem dan kembung merupakan komoditas perikanan Indonesia yang memiliki nilai ekonomis cukup tinggi. Namun, terdapat masalah yang potensial pada komoditas tersebut, yaitu kadar histamin. Informasi genetika dari bakteri yang diduga memiliki enzim histidin dekarboksilase diperlukan sebagai langkah awal untuk mewujudkan marka molekuler serta alat pendeteksi histamin sejak dini (kit). Tujuan penelitian ini adalah (1) Memperoleh isolat bakteri yang berpotensi untuk menghasilkan enzim histidin dekarboksilase pada ikan salem dan kembung, (2) Memperoleh ekstrak DNA bakteri dari isolat ikan salem dan kembung, (3) Karakterisasi molekuler bakteri yang berpotensi untuk menghasilkan enzim histidin dekarboksilase pada ikan salem dan kembung, (4) Memperoleh gen pengkode enzim histidin dekarboksilase dari isolat DNA bakteri. Penelitian ini terdiri atas beberapa tahapan, yaitu isolasi dan karakterisasi bakteri dengan metode cawan gores dan pewarnaan gram, ekstraksi DNA bakteri dengan metode CTAB 10%, pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrofotometer, amplifikasi DNA dengan teknik PCR, elektroforesis, sequencing dan uji formalin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat bakteri yang berasal dari bahan baku ikan merupakan kelompok bakteri Gram negatif dan berbentuk batang. Konsentrasi DNA bakteri yang diperoleh berkisar 48-616 μg/ml dan rasio sebesar 1,326-2,243. Produk PCR menggunakan primer hdc dan 106-107 tidak tervisualisasi, namun pada primer 27-F dan 1492-R tervisualisasi. Hasil sequencing menunjukkan bahwa jenis bakteri yang tervisualisasi dengan menggunakan primer 27-F dan 1492-R ialah Aeromonas sp. Kesimpulan penelitian ini ialah gen pengkode enzim histidin dekarboksilase belum berhasil diperoleh karena sampel ikan positif mengandung formalin.