Karakterisasi Spesies Bahan Baku Ikan Air Tawar Komersial Berbasis PCR-Sequencing dan Perbandingan Metode Ekstraksi DNA

Abstract

Ikan air tawar komersial (belut, gurame, lele, nila merah dan patin) merupakan salah satu pilihan masyarakat untuk memenuhi tingkat kebutuhan protein dan seringkali digunakan sebagai bahan baku produk olahan. Dewasa ini seringkali terjadi pemalsuan bahan baku, sehingga perlu dilakukan karakterisasi yang bertujuan untuk melindungi bahan baku hasil perairan dan mempermudah proses traceability. Karakterisasi dapat dilakukan menggunakan DNA, disebabkan oleh sifatnya yang stabil sehingga dapat digunakan untuk mengkarakterisasi produk segar, beku maupun olahan. Tahapan penting karakterisasi berbasis DNA adalah proses ekstraksi DNA. Tiga metode ekstraksi DNA digunakan pada penelitian ini, yaitu CTAB 2% dan ekstraksi menggunakan kit FermentasTM, serta QiagenTM. Hasil ekstraksi menunjukkan adanya DNA dengan konsentrasi berkisar antara 595,00 sampai 1497,50 μg/ml serta tingkat kemurnian sebesar 0,61-1,41. Hasil ekstraksi ini kemudian digandakan gen targetnya (12S rRNA) melalui proses PCR, sehingga didapatkan produk PCR yang dapat dikarakterisasi melalui proses elektroforesis. Hasil elektroforesis menunjukkan pita DNA ikan air tawar dapat tervisualisasikan dengan ketajaman dan ketebalan yang berbeda-beda serta ukurannya berkisar antara 200-250 bp. Hasil ekstraksi dengan Qiagen menunjukkan pita DNA yang lebih berkualitas (tebal dan tajam), sehingga dilanjutkan ke analisa molekular selanjutnya yaitu sequencing. Hasil sequencing berupa urutan basa nukleotida yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Hasil identifikasi menunjukkan keempat jenis ikan air tawar mampu diidentifikasi jenisnya, yaitu Monopterus albus, Osphronemus goramy, Pangasius sp dan Oreochromis niloticus.