Amplifikasi Isothermal Primer Spesifik Thunnus obesus Menggunakan Cytb dan ND2.

Abstract

Mislabeling pada produk olahan tuna bernilai tinggi seperti Thunnus obesus masih sering terjadi, sehingga dibutuhkan alat deteksi cepat yang dapat digunakan langsung di lapangan. Penelitian ini bertujuan merancang primer spesifik berbasis gen mitokondria Cytb dan ND2 untuk identifikasi T. obesus menggunakan LAMP. Perancangan primer dilakukan sebagai tahap pertama dimulai dari pengunduhan sekuens, penjajaran sekuens, desain primer, dan evaluasi dengan OligoAnalyzer. Selanjutnya primer diuji secara in-vitro yang meliputi isolasi DNA, pengujian menggunakan LAMP, dan elektroforesis. Hasil MSA pada Cytb menunjukkan kelestarian sekuens sampel target sebesar 97,86% dan 86,90% antara sampel target dan non-target. Pada ND2 didapatkan kelestarian sekuens sebesar 100% pada sampel target dan 80,99% antara sampel target dan non-target. Uji LAMP pada Cytb mendapatkan suhu optimum pada 67 °C selama 30-40 menit, sedangkan pada ND2 belum menunjukkan hasil optimum. Primer yang dirancang memiliki potensi sebagai alat deteksi cepat untuk kandidat T. obesus, namun perlu adanya evaluasi lebih lanjut agar primer spesifik terhadap spesies T. obesus.