Identifikasi Keragaman SNP Ekson 11 Gen Prolaction Receptor pada Sapi Pedaging Indonesia

Abstract

Gen PRLR merupakan salah satu gen yang berperan dalam pengaturan termoregulasi serta ketahanan terhadap stres panas. Mutasi pada gen PRLR berpengaruh besar terhadap sifat SLICK. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keberadaan mutasi dan keragaman SNP ekson 11 gen PRLR pada populasi sapi pedaging Indonesia. Sebanyak 20 sampel DNA digunakan dalam penelitian ini, yang terdiri dari 10 sampel sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar, 6 sampel sapi PO dari BET Cipelang, dan 4 sampel sapi limousin dari BPTU-HPT Padang Mangatas. Keragaman gen PRLR diidentifikasi menggunakan sekuensing DNA. Hasil sekuensing menunjukkan tidak adanya variasi genetik pada sapi bali, sedangkan SNP pada lokus c.210 G>A dan c.236 C>A teridentifikasi pada sapi PO dan limousin sebagai synonymous mutation. Analisis keragaman genetik pada ketiga bangsa sapi menunjukkan tingkat keragaman yang rendah, dengan frekuensi genotipe yang masih berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Oleh karena itu, pemanfaatan SNP gen PRLR sebagai marka genetik sifat ketahanan panas masih memerlukan penelitian lanjutan.

The PRLR gene is one of the genes involved in thermoregulation and resistance to heat stress. Mutations in the PRLR gene have a significant influence on the SLICK trait. This study aimed to identify the presence of mutations and the genetic diversity of SNP in exon 11 of the PRLR gene in Indonesian beef cattle populations. A total of 20 DNA samples were used in this study, consisting of 10 bali cattle samples from BPTU-HPT Denpasar, 6 Peranakan Ongole (PO) cattle samples from BET Cipelang, and 4 limousin cattle samples from BPTU-HPT Padang Mangatas. Genetic variation in the PRLR gene was identified using DNA sequencing. The sequencing results showed no genetic variation in bali cattle, whereas SNP at loci c.210 G>A and c.236 C>A were identified in PO and Limousin cattle as synonymous mutations. Genetic diversity analysis of three cattle breeds revealed low levels of genetic diversity, with genotype frequencies remaining in Hardy-Weinberg equilibrium. Therefore, further studies were needed to evaluate the potential use of PRLR gene SNP as genetic markers for heat tolerance.