dc.contributor.advisor | Abdullah, Asadatun | |
dc.contributor.advisor | Rianti, Puji | |
dc.contributor.advisor | Jacoeb, Agoes Mardiono | |
dc.contributor.author | Nopriana, Dilla Putri | |
dc.date.accessioned | 2023-07-28T03:46:50Z | |
dc.date.available | 2023-07-28T03:46:50Z | |
dc.date.issued | 2023 | |
dc.identifier.uri | http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/122758 | |
dc.description | Mohon untuk membatasi akses skripsi hanya untuk cover/abstrak saja | id |
dc.description.abstract | Tingginya permintaan dunia terhadap ikan hiu paitan (Alopias superciliosus)
membuat spesies tersebut mengalami eksploitasi berlebihan dan saat ini masuk
kategori vulnerable dan Appendix II CITES. Identifikasi molekuler untuk
mendeteksi jenis ikan hiu penting dilakukan untuk memastikan bahwa hiu yang
diperdagangkan bukan termasuk jenis hiu yang dilindungi. Deteksi cepat spesies
Alopias superciliosus dapat dilakukan dengan LAMP kolorimetri. Penelitian
bertujuan mengidentifikasi primer spesifik spesies Alopias superciliosus
menggunakan marka gen COI dan NADH2 serta optimasi waktu dan suhu yang
digunakan dengan metode LAMP kolorimetri. Penelitian diawali dengan
merancang primer DNA mitokondria COI dan NADH2 secara in silico. Selanjutnya
primer diuji secara in vitro bersama isolat DNA hasil isolasi. Penelitian secara in
silico menghasilkan set primer COI dan NADH2 yang terdiri dariprimer F3, B3,
FIP, BIP, dan tambahan primer loop LB. Set primer LB gen COI dapat mendeteksi
sampel target pada suhu 65°C selama 30 menit dengan tingkat spesifisitas hingga
konsentrasi paling rendah 0,01 pg/µL. Set primer LB gen NADH2 dapat
mendeteksi sampel pada suhu 70°C selama 27 menit. | id |
dc.description.abstract | The high global demand for Paitan Shark (Alopias superciliosus) has led to
overexploitation and the species is currently categorized as vulnerable and
Appendix II of CITES. Molecular identification to detect the type of shark is
important to ensure that the shark being traded is not a protected species. Rapid
detection of Alopias superciliosus species can be done by colorimetric LAMP. This
study aims to identify Alopias superciliosus species-specific primers using COI and
NADH2 gene markers and optimize the time and temperature used with
colorimetric LAMP method. The research began by designing COI and NADH2
mitochondrial DNA primers in silico. Furthermore, the primers were tested in vitro
with isolated DNA isolates. In silico research produced COI and NADH2 primer
sets consisting of F3, B3, FIP, BIP, and additional LB loop primers. The COI gene
LB primer set can detect target samples at 65°C for 30 minutes with specificity up
to a concentration of at least 0.01 pg/µL. The NADH2 gene LB primer set can detect
samples at 70°C for 27 minutes. | id |
dc.description.sponsorship | Hibah Pendanaan Penelitian Terapan Kompetitif Nasional (PTKN) Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi a.n. Dr. Asadatun Abdullah | id |
dc.language.iso | id | id |
dc.publisher | IPB University | id |
dc.title | Perancangan Primer Spesifik Spesies Alopias superciliosus untuk Metode Identifikasi LAMP Kolorimetri | id |
dc.title.alternative | Design of Primers Specific to Alopias superciliosus Species for Colorimetric LAMP Identification Method | id |
dc.type | Undergraduate Thesis | id |
dc.subject.keyword | Alopias superciliosus | id |
dc.subject.keyword | COI | id |
dc.subject.keyword | Colorimetric LAMP | id |
dc.subject.keyword | NADH2 | id |