Aplikasi Metode High Resolution Melting (HRM)-qPCR untuk Identifikasi Spesies Ikan Hiu Lanjaman pada Produk Hasil Perikanan

Abstract

Penggunaan ikan hiu sebagai bahan baku produk olahan perikanan di Indonesia mengancam eksistensi hiu salah satunya spesies hiu lanjaman (C. falciformis). Metode deteksi cepat berbasis molekuler dengan sensitivitas tinggi dan terjangkau diperlukan untuk identifikasi ikan pada produk perikanan. Aplikasi metode HRM-qPCR dapat digunakan sebagai solusi. Penelitian ini bertujuan mendapatkan primer spesies spesifik secara in silico untuk identifikasi spesies C. falciformis dari berbagai lokasi pendaratan ikan. Prosedur penelitian meliputi desain primer, isolasi DNA sampel, pengujian kualitas dan kuantitas DNA, dan optimalisasi HRM-qPCR. Desain primer menggunakan aplikasi Mega-X dan Bioedit pada marka gen mtDNA berhasil dilakukan. Isolat DNA dan primer NADH2 digunakan dalam analisis HRM-qPCR. Spesies target dan non target dapat dibedakan dengan sebaran garis pada kurva leleh dan nilai Tm. Nilai Tm Sampel C. falciformis dari daerah Aceh sebesar 72,85-73,2°C, sedangkan sampel dari NTB berkisar 73,15-73,3°C. Primer-primer dengan marka gen selain NADH2 pada penelitian ini dapat digunakan dalam penelitian selanjutnya. Pengujian menggunakan pewarna Sensi-fast HRM dari Bioline memiliki nilai Tm yang lebih tinggi dengan tingkat kenaikkan suhu kecil sehingga hasilnya lebih baik daripada menggunakan pewarna Evagreen dari Biotium.

The use of sharks as raw material for processed fisheries products in Indonesia threatens the existence of sharks, one of them is silky shark (C. falciformis). Molecular-based identification methods with high sensitivity and reliability are needed for fish identification in fishery products. The application of the HRM-qPCR method can be used as a solution. The aim of this research was to design in silico species-specific primers for identification of C. falciformis from various fish landing sites. The research procedures included designing specific primers, isolation of DNA samples, testing the quality and quantity of DNA samples, and optimization of HRM-qPCR. The primary design using Mega-X and Bioedit applications on mtDNA gene markers was successfully made. DNA isolates and NADH2 primers were used in HRM-qPCR analysis. The target and non target species can be distinguished by the distribution of lines on the melting curve and the Tm value. The Tm value of C. falciformis from Aceh was 72,85-73,2°C, while the samples from NTB was 73,15-73,3°C. The other primers with gene markers than NADH2 in this study can be used in future studies. The tests using sensi-fast HRM dye from Bioline has a higher Tm value with small temperature increase so that the results are better than using Evagreen dye from Biotium.