Identifikasi Keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Ekson 2.1 Gen PLAG1 pada Sapi Pedaging

Abstract

Gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) adalah salah satu gen yang mengendalikan sifat-sifat pertumbuhan pada sapi. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) daerah ekson 2.1 gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) pada sapi bali, sapi peranakan ongol (PO) dan sapi limosin dengan metode direct-sequencing. Sampel darah yang digunakan yaitu 46 sampel yang terdiri atas 29 sampel sapi bali, 9 sampel sapi PO dan 8 sampel sapi limosin. Analisis data yang dilakukan yaitu perhitungan frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg (uji chi-square). SNP c.1186 C>T dan c.1420 G>A pada sapi PO dan semua SNP pada sapi bali bersifat polimorfik dengan keragaman yang rendah sedangkan SNP c.1033 C>G, c.1036 A>G, c.1067 G>A dan c.1492 A>G sapi PO dan semua SNP sapi limosin yang diteliti bersifat monomorfik. SNP yang ditemukan dalam penelitian ini mengubah susunan asam amino SNP c.1033 C>G his>gln dan SNP c.1067 G>A glu>lys. Keseimbangan Hardy-Weinberg gen PLAG1 dalam kadaan seimbang pada SNP c.1420 G>A sapi bali dan PO serta SNP c.1033 C>G dan c.1067 G>A pada sapi bali. SNP c.1186 C>T sapi bali dan sapi PO serta SNP c.1036 A>G, c.1186 C>T dan c.1492 A>G pada sapi bali tidak dalam keseimbangan Hardy-Weinberg.