Analisis Keragaman Daerah 3’UTR Gen PLAG1 (Pleomorphic Adenoma Gene 1) pada sapi Bali, PO, dan Limousin.

Abstract

Gen PLAG1 adalah salah satu gen yang berpengaruh terhadap pertumbuhan yang terletak di kromosom 14 pada sapi. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi dan menganalisis daerah 3'UTR gen PLAG1 pada sapi bali, sapi PO dan limousin. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 48 sampel terdiri atas 30 sampel sapi bali, 10 sampel sapi PO, dan delapan sampel sapi limousin. Keragaman gen PLAG1 dianalisis dengan beberapa tahapan yaitu isolasi DNA, amplifikasi gen fragmen 3’UTR gen PLAG1 menggunakan PCR thermocycler dan selanjutnya produk PCR dilakukan analisis sekuensing. Data sekuen dianalisis menggunakan program MEGA10 untuk mendapatkan data SNP dan komposisi nukleotida. Hasil penelitian menunjukan bahwa ditemukan empat SNP yaitu SNP pada posisi g.5454C>T, g.5464T>-, g.5505G>C dan g.5516G>- dan ditemukan satu SNP g.5505G>C sebagai SNP spesifik untuk sapi yang termasuk Bos taurus dan Bos javanicus. Komposisi nukleotida fragmen 3’UTR gen PLAG1 pada sapi bali, PO dan limousin yaitu basa nukleotida A+T (59.5%) lebih tinggi dibandingkan G+C (40.5%). Berdasarkan hasil yang diperoleh, dapat disimpulkan bahwa SNP g.5505G>C sebagai SNP spesifik yang menjadi pembeda pada tiga bangsa sapi.