Identifikasi kandidat marka molekuler pada ikan nilem (Osteochilus hasselti) rentan stres menggunakan teknik RAPD-PCR

Abstract

Ikan nilem (Osteochilus hasselti) merupakan ikan budidaya air tawar di Indonesia, khususnya Jawa Barat. Transportasi menyebabkan ikan stres, dan perubahan respons fisiologis. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi kandidat marka molekuler menggunakan teknik RAPD-PCR pada ikan nilem yang rentan stres. Ikan berukuran panjang total 4.82±0.54 cm, ditransportasikan selama 4 jam dengan jarak tempuh sekitar 76 km. Kepadatan ikan dibedakan menjadi 100, 300, dan 500 ekor per lima liter air, dengan tiga ulangan. Ekstraksi DNA genom dilakukan dengan mengambil masing-masing dua ekor dari tiap kepadatan ikan yang sehat dan moribund, kemudian sirip ekor dipotong 10-20 mg. Amplifikasi PCR dilakukan menggunakan lima primer (OPA08, OPA11, OPB06, OPC03, dan OPC09), amplikon dielektroforesis dengan gel agarosa 1.5%. Pasca transportasi kualitas air parameter suhu, CO2, amonia, nitrit, dan suhu mengalami peningkatan, sementara parameter DO dan pH mengalami penurunan pada setiap kepadatan. Persentase ikan nilem sehat kepadatan 100 (99.33±0.57) lebih tinggi dari kepadatan 500 ekor (96.27±0.80). Persentase ikan nilem moribund pada kepadatan 100 (0.67±0.58) lebih rendah dari kepadatan 500 ekor (1.93±0.12). Primer OPA11 menghasilkan pita berukuran 1250 bp yang terdapat pada ikan yang moribund, dengan peluang kemunculan pita sebesar 67%. Pita tersebut menjadi pembeda antara ikan nilem yang sehat dengan moribund dan dapat menjadi kandidat marka molekuler penanda ikan yang rentan stres.