Keragaman Genetik Dan Hubungan Kekerabatan Famili Tridacnidae Di Perairan Maluku Utara

Abstract

Kima dari Genus Tridacna merupakan jenis kima yang berukuran besar, jenis ini selalu hidup menetap (tidak berpindah tempat) pada substrat dan ditemukan pada perairan dangkal sampai pada kedalaman 20 meter terutama pada ekosistem terumbu karang dengan kondisi air yang jernih. Di Indonesia terdapat 7 spesies yang terdiri dari Genus Tridacna dan Hippopus, yaitu Tridacna crocea, Tridacna squamoza, Tridacna maxima, Tridacna derasa, Tridacna gigas, Hippopus hippopus, dan Hippopus porcelanus. Biota ini merupakan salah satu biota laut yang mempunyai nilai ekonomis tinggi sehingga ancaman terhadap perubahan sangat tinggi. Tridacna banyak diburu masyarakat untuk dijual. Cangkangnya dipergunakan sebagai pembutan bahan bagunan dan dagingnya sebagai makanan bergizi. Tingginya permintaan Tridacna ini mengakibatkan terjadinya eksploitasi yang berlebihan dari populasi Tridacna di alam, sehingga populasi tersebut menurun sangat drastis di seluruh Indonesia terutama diakibatkan oleh pengambilan ilegal, penyakit dan parasit, predator, faktor lingkungan dan faktor antropogenik. Upaya pengelolaan dan pemanfaatan dapat dilakukan untuk menjaga sumberdaya genetik, jenis dan ekosistem kima tersebut. Sumber daya genetik merupakan tahapan dasar dalam upaya konservasi kima, melalui teknik DNA barcoding. Metode ini dapat memudahkan dalam tingkat identifikasi bahkan pada tingkat spesies. Analisis keragaman genetik dan Hubungan kekerabatan dengan teknik DNA barcoding yang bertujuan untuk mengetahui informasi urutan basa nukleotida pada molekul. Pengambilan sampel kima dilakukan secara purposive sampling dengan menggunakan metode Transek Garis atau LIT (line Intercept Transect). Penelitian ini menggunakan 3 spesies kima dari genus Tridacna yang terdiri dari Tridacna crocea, Tridacna squamoza, dan Tridacna maxima. Sebanyak 117 sampel, dari perairan Jailolo, Bacan, Morotai, Obi, Weda, dan Buli. Sampel dipreservasi kemudian dilanjutkan dengan ekstrasi, PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis di Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan IPB. kemudian dilanjutkan dengan tahapan sekuensing, panjang sekuen semua sampel adalah sebesar 456bp. Hasil penelitian ditemukan nilai kepadatan yang paling tertinggi adalah spesies Tridacna crocea adalah (28 ind/m2), Tridacna squamoza (10 ind/m2), Tridacna maxima (8,8 ind/m2) dan nilai kepadatan paling rendah yaitu spesies Tridacna maxima. Ukuran kima yang ditemukan bervariasi di loaksi penelitian dengan jenis yang banyak ditemukan berukuran kecil dan ukuran besar suda sangat langka. Pola pertumbuhan Tridacna crocea, Tridacna squamoza, dan Tridacna maxima adalah allometrik negatif. Nilai keragaman haplotipe dari semua populasi T. crocea, T. squamoza dan T. maxima secara berturut-turut adalah 0.944-1.000, 0.777-1.000. selain itu populasi menunjukan keragaman haplotipe yang tinggi. Struktur genetik ditemukan dalam semua populasi T. crocea, T. squamoza, dan T. maxima dengan nilai Fst masing-masing 3.60-96.40, 0.12-99.88 dan 6.54-93.46. Struktur populasi dan pohon filogenetik menunjukan kedekatan genetik antara populasi T. crocea, T. squamoza, dan T. maxima. Nilai jarak genetik antar populasi T.crocea sebesar 0.010-0.011, T. squamoza sebesar 0.007,0.002,0.017,0.016,0.006, dan T. maxima 0.007, 0.002, 0.017, 0.016, 0.066. kemiripan genetik terjadi karena kondisi dan arah aliran arus sebagai media trasportasi gen antara populasi.