Keragaman Genetik Dan Hubungan Kekerabatan Famili Tridacnidae Di Perairan Maluku Utara
View/ Open
Date
2019Author
Hadadi, Namira
Maduppa, H Hawis
Shinta, Irma Arlyza
Metadata
Show full item recordAbstract
Kima dari Genus Tridacna merupakan jenis kima yang berukuran besar,
jenis ini selalu hidup menetap (tidak berpindah tempat) pada substrat dan
ditemukan pada perairan dangkal sampai pada kedalaman 20 meter terutama pada
ekosistem terumbu karang dengan kondisi air yang jernih. Di Indonesia terdapat 7
spesies yang terdiri dari Genus Tridacna dan Hippopus, yaitu Tridacna crocea,
Tridacna squamoza, Tridacna maxima, Tridacna derasa, Tridacna gigas,
Hippopus hippopus, dan Hippopus porcelanus. Biota ini merupakan salah satu
biota laut yang mempunyai nilai ekonomis tinggi sehingga ancaman terhadap
perubahan sangat tinggi. Tridacna banyak diburu masyarakat untuk dijual.
Cangkangnya dipergunakan sebagai pembutan bahan bagunan dan dagingnya
sebagai makanan bergizi. Tingginya permintaan Tridacna ini mengakibatkan
terjadinya eksploitasi yang berlebihan dari populasi Tridacna di alam, sehingga
populasi tersebut menurun sangat drastis di seluruh Indonesia terutama
diakibatkan oleh pengambilan ilegal, penyakit dan parasit, predator, faktor
lingkungan dan faktor antropogenik. Upaya pengelolaan dan pemanfaatan dapat
dilakukan untuk menjaga sumberdaya genetik, jenis dan ekosistem kima tersebut.
Sumber daya genetik merupakan tahapan dasar dalam upaya konservasi kima,
melalui teknik DNA barcoding. Metode ini dapat memudahkan dalam tingkat
identifikasi bahkan pada tingkat spesies.
Analisis keragaman genetik dan Hubungan kekerabatan dengan teknik
DNA barcoding yang bertujuan untuk mengetahui informasi urutan basa
nukleotida pada molekul. Pengambilan sampel kima dilakukan secara purposive
sampling dengan menggunakan metode Transek Garis atau LIT (line Intercept
Transect). Penelitian ini menggunakan 3 spesies kima dari genus Tridacna yang
terdiri dari Tridacna crocea, Tridacna squamoza, dan Tridacna maxima.
Sebanyak 117 sampel, dari perairan Jailolo, Bacan, Morotai, Obi, Weda, dan Buli.
Sampel dipreservasi kemudian dilanjutkan dengan ekstrasi, PCR (Polymerase
Chain Reaction) dan elektroforesis di Laboratorium Biodiversitas dan
Biosistematika Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan IPB.
kemudian dilanjutkan dengan tahapan sekuensing, panjang sekuen semua sampel
adalah sebesar 456bp.
Hasil penelitian ditemukan nilai kepadatan yang paling tertinggi adalah
spesies Tridacna crocea adalah (28 ind/m2), Tridacna squamoza (10 ind/m2),
Tridacna maxima (8,8 ind/m2) dan nilai kepadatan paling rendah yaitu spesies
Tridacna maxima. Ukuran kima yang ditemukan bervariasi di loaksi penelitian
dengan jenis yang banyak ditemukan berukuran kecil dan ukuran besar suda
sangat langka. Pola pertumbuhan Tridacna crocea, Tridacna squamoza, dan
Tridacna maxima adalah allometrik negatif. Nilai keragaman haplotipe dari semua
populasi T. crocea, T. squamoza dan T. maxima secara berturut-turut adalah
0.944-1.000, 0.777-1.000. selain itu populasi menunjukan keragaman haplotipe
yang tinggi. Struktur genetik ditemukan dalam semua populasi T. crocea, T.
squamoza, dan T. maxima dengan nilai Fst masing-masing 3.60-96.40, 0.12-99.88
dan 6.54-93.46. Struktur populasi dan pohon filogenetik menunjukan kedekatan
genetik antara populasi T. crocea, T. squamoza, dan T. maxima. Nilai jarak
genetik antar populasi T.crocea sebesar 0.010-0.011, T. squamoza sebesar
0.007,0.002,0.017,0.016,0.006, dan T. maxima 0.007, 0.002, 0.017, 0.016, 0.066.
kemiripan genetik terjadi karena kondisi dan arah aliran arus sebagai media
trasportasi gen antara populasi.
Collections
- MT - Fisheries [2934]