Analisis Keragaman Genetik 24 Genotipe Kakao Lokal Berdasarkan Marka InDel Berbasis Genom

Abstract

InDel merupakan salah satu marka molekuler yang memiliki potensi dalam menganalisis keragaman genetik. Tujuan dalam penelitian ini adalah menguji kemampuan 19 primer InDel dalam menganalisis keragaman genetik 24 genotipe kakao lokal. Hasil skoring pita-pita hasil ampifikasi DNA kakao menunjukkan dari 19 primer IDCc, 18 primer bersifat polimorfis dan 1 primer monomorfis (IDCc 7.2). Nilai rata-rata polymorphism information content (PIC) dari 19 primer IDCc yang digunakan cukup rendah (0.369), frekuensi alel utama sebesar 0.665, jumlah alel terdeteksi sebesar 2.563, diversitas gen sebesar 0.435, dan heterozigositas sebesar 0.050. Primer IDCc dengan nilai PIC terbaik terdapat pada primer IDCc 8.2 (0.624), IDCc 9.1 (0.531), dan IDCc 10.1 (0.549). Analasis filogenetik 24 genotipe kakao lokal menghasilkan tiga kelompok pada koefisien kemiripan sebesar 0.56, kelompok pertama terdapat 7 genotipe, kelompok kedua 16 genotipe, dan kelompok ketiga terdapat 1 genotipe. Jarak terjauh dimiliki oleh genotipe TSH 858 dan DRC 16. Semakin jauh jarak genetik setiap genetik, maka potensi untuk dijadikan sebagai tetua dalam pemuliaan tanaman semakin besar