Isolasi dan Identifikasi Sekuen Parsial Gen Monokarboksilat Transporter-like pada Ikan Gurami Osphronemus goramy

Abstract

Ikan gurami merupakan salah satu spesies ikan budidaya air tawar di Indonesia. Ikan gurami berpotensi untuk dijadikan ikan model untuk studi metabolisme karbohidrat dan respons terhadap cekaman lingkungan. Gen monokarboksilat transporter (MKT) diduga bertanggung jawab dalam metabolisme karbohidrat dan saat oksigen terlarut rendah di perairan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengidentifikasi sekuen parsial gen monokarboksilat transporter-like pada ikan gurami. RNA total diekstraksi dari organ hati ikan gurami. Primer oligonukleotida diperoleh dengan menyejajarkan sekuen gen ikan koki Carassius auratus, “grass carp” Ctenopharyngodon idella, “sheepshead minnow” Cyprinodon variegatus, ikan mas Cyprinus carpio, ikan nila Oreochromis niloticus, ikan gapi Poecilia reticulata, dan ikan “rainbow trout” Oncorhynchus mykiss menggunakan perangkat lunak Bioedit v7.2. Dari analisis sekuensing diperoleh susunan nukleotida berukuran 922 bp yang menyandikan 299 asam amino residu. Analisis sekuen dengan BLAST® menunjukkan sekuen gen yang berhasil diisolasi memiliki kesamaan dengan gen MKT ikan kuwe batu Seriola dumerili, kakap putih Lates calcarifer, dan Larimichthys croacea dengan persentase kesamaan berkisar antara 81 86%. Pada sekuen asam amino residu tersebut ditemukan domain protein major facilitator superfamily (MFS) famili 1, 11, dan 13. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa sekuen gen parsial yang diisolasi tersebut berada dalam kelompok teleost dengan nilai bootstrap 56%, terpisah dengan kelompok mamalia dengan nilai bootstrap 100%. Hasil ini membuktikan bahwa gen yang diisolasi merupakan gen MKT.