Genotiping Gen Acaca Dan Hubungannya Dengan Asam Lemak Susu Sapi Perah Friesian Holstein Menggunakan Taqman Real-Time Pcr

Abstract

Kandungan asam lemak susu sangat besar dipengaruhi oleh faktor genetik. Gen ACACA merupakan gen penting dalam regulasi dan metabolisme asam lemak susu pada sapi Friesian Holstein (FH). Pengaruh keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu pada sapi FH dalam negeri belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen ACACA pada sapi FH dan analisis hubungan kergaman gen ACACA terhadap kandungan asam lemak susu. Sampel DNA sapi FH yang digunakan berasal dari lima lokasi sebanyak 277 sampel yang terdiri atas sapi betina laktasi sebanyak 113 ekor dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak) Ciawi, 42 ekor berasal dari BPPT-SP Cikole, 76 ekor berasal dari BBPTU Baturraden, serta sapi pejantan sebanyak 17 ekor dari BIB Lembang dan 29 ekor dari BBIB Singosari. Sampel susu sebanyak 42 dikoleksi dari BPTU Baturaden berdasarkan uji satu hari dengan menjumlahkan produksi pagi dan sore dari bulan laktasi 1-4. Sampel susu dianalisis menggunakan Gas Chromatography Mass Spectromtery (GCMS). Ampilfikasi gen ACACA menggunakan TaqMan real-time PCR (polymerase chain reaction) dengan kondisi suhu thermal cycler yaitu suhu denaturasi, annealing dan ekstensi masing-masing 95 oC selama 20 detik, 60 oC selama 1 menit dan 95 oC selama 3 detik yang diulang sebanyak 40 siklus. Penentuan genotipe gen ACACA pada setap individu dan kelompok sampel ditunjukkan dalam bentuk kurva dan klaster fluoresensi genotipe. Genotipe GG ditunjukkan dengan kurva fluoresensi FAM berwarna biru, genotipe GT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi berwarna FAM-VIC kombinasi warna biru dan merah jambu (pink) atau hijau, sedangkan genotipe TT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi VIC. Data genotipe dianalisis menggunakan frekuensi genotipe, frekuensi alel, derajat heterozigositas, indeks deferensiasi genetik (FST) dan tingkat keragaman alel dihitung menggunakan nilai PIC (polymorphic informative content). Analisis hubungan keragaman genotipe ACACA dengan kandungan asam lemak susu menggunakan GLM (general linier model) SAS versi 9.2. Hasil amplifikasi gen ACACA pada sapi FH diperoleh dua genotipe yaitu GG dan GT. Genotipe GG ditunjukkan oleh fluoresensi FAM berwarna biru, sedangkan genotipe GT ditunjukkan oleh kombinasi fluoresensi FAM dan VIC. Nilai frekuensi genotipe GG secara umum lebih tinggi dibandingkan genotipe GT dengan rataan masing-masing 0.885 dan 0.115. Frekuensi alel G juga menunjukkan lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi alel T masing-masing 0.942 dan 0.058. Nilai heterozigositas termasuk kategori rendah (Ho=0.027-0.176 dan He=0.026-0.161). Rerata nilai FST sebesar 0.100 dan nilai PIC termasuk kategori rendah (<0.25). Analisis keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu, secara umum tidak berbeda nyata kecuali pada asam lemak laurat (C12:0) dan dodecanoat (C12:1). Genotipe GG memiliki kandungan asam laurat lebih tinggi (5.99±0.09) dibandingkan dengan genotipe GT (5.55±0.18), sedangkan genotipe GT memiliki kandungan asam lemak dodecanoat lebih tinggi (0.29±0.06) dibanding genotipe GG (0.14±0.06). Disimpulkan bahwa gen ACACA pada sapi FH yang diamati bersifat polimorfik. Keragaman gen ACACA berpengaruh nyata terhadap asam lemak laurat (C12:0) dan dodecanoat (C12:1). Keragaman gen ACACA berpotensi menjadi marka genetik yaitu genotipe GG untuk meningkatkan asam lemak laurat dan genotipe GT untuk meningkatkan asam lemak dodecanoat.