Identification of Growth Hormone Gene Variation in the Exon Region of Indonesian Local Cattle Based on PCR-SSCP Method

Abstract

The aim of this study was to identify the polymorphisms of the growth hormone gene (GH) of Indonesian local cattle breeds as well as two exotic breed as the out grouped using polymerase chain reaction and single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP). 20 DNA samples of each Indonesian local cattle in consists of Bali, Pesisir, Madura and Katingan and 10 DNA samples of Simmental and Limousine cattle were used. The results show that the polymorphism of the GH gene was found in the three exon regions which are exon 1, 2 and 5 at Indonesian local cattle except for the Bali and Madura cattle that showed polymorphism only at exon 2. This two cattle showed monomorphism at their exon 3 and 4. On the other hand, the exotic breed showed the polymorphism in all exon regions, except for exon 2 in Simmental cattle which was found to be monomorphic. Bos javanicus was monomorphic in the fifth exon except at exon 2 that is polymorphic, while Bos taurus and Bos indicus were polymorphic in the fifth exon. The degree of heterozygosity in the Bos javanicus was a lower when compared to the value of Bos taurus and Bos indicus, so that it can be stated that the high diversity found in the Bos taurus and Bos indicus cattle.

Indonesia memiliki berbagai bangsa ternak sapi potong yang merupakan ternak lokal yang informasi genetiknya masih terbatas seperti sapi Bali, Aceh, Madura, Pesisir dan sapi Katingan. Sapi potong tersebut memiliki potensi yang sangat besar karena merupakan sumber daya genetik ternak lokal yang tidak ternilai harganya. Keunggulan yang dimiliki sapi lokal Indonesia adalah kemampuan adaptasi lingkungan ekstrim, ketersediaan pakan yang berkualitas rendah dan fertilitasnya yang sangat baik, serta mampu bertahan pada kondisi iklim tropis. Keunggulan pada sapi lokal Indonesia inilah yang menjadi salah satu alasan dasar atas kajian molekuler terhadap gen hormon pertumbuhan (GH) yang diduga sebagai salah satu gen utama (major gene) yang berperan penting dalam proses pertumbuhan. Polimorfisme dari gen GH yang terdapat sapi lokal seperti sapi Bali, Madura, Pesisir, dan sapi Katingan (Kalimantan Tengah) belum banyak informasinya. Hal ini terkendala dari segi penelitian maupun teknik dalam pendeteksian keragaman gen tersebut. Teknik yang juga bisa digunakan untuk mendeteksi keragaman gen pada suatu ternak adalah dengan teknik PCR-SSCP (Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism). Teknik ini relatif masih baru dalam penentuan polimorfisme suatu gen, dan tidak banyak dilakukan, khususnya dalam penentuan gen GH terlebih pada ternak sapi lokal Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman gen hormon pertumbuhan di daerah exon dengan menggunakan teknik PCR-SSCP pada populasi sapi lokal Indonesia.