Tesis a.n Dalilah Ramadhani (D1501251040)

Abstract

Sapi peranakan ongole (PO) merupakan salah satu rumpun sapi lokal Indonesia yang memiliki peran penting sebagai sumber daya genetik ternak. Keterbatasan informasi mengenai genom mitokondria pada rumpun ini menunjukkan perlunya penelitian lebih lanjut sebagai dasar untuk mendukung program pemuliaan di masa mendatang. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi genom mitokondria sapi PO dan mengonstruksi pohon filogenetik menggunakan sekuens genom mitokondria lengkap dan parsial. Proses ekstraksi DNA dan PCR dilakukan di Gedung Genomik BRIN, Cibinong, Bogor, Jawa Barat. Selain itu, sekuensing produk PCR dilakukan di PT Genomik Solidaritas Indonesia (GSI), Jakarta Selatan. Sampel darah berasal dari sapi pejantan PO di BBIB Singosari, Malang, Jawa Timur, Indonesia. DNA diekstraksi menggunakan Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, USA), kemudian diamplifikasi menggunakan dua pasang primer forward dan reverse dengan panjang produk 9,064 dan 9,222 bp berdasarkan referensi Bos javanicus CERZA. Proses sekuensing dilakukan menggunakan teknologi Oxford Nanopore. Analisis filogenetik dilakukan menggunakan genom mitokondria lengkap dan parsial, yaitu D-loop, Cyt-b, COX1, ND5, dan 16S rRNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genom mitokondria lengkap sapi PO memiliki panjang 16.562 pasangan basa (bp) terdiri atas 13 gen penyandi protein, 22 gen tRNA, 2 gen rRNA, dan D-loop. Hasil analisis pohon filogenetik berdasarkan total genom mtDNA menunjukkan bahwa sapi PO membentuk klad yang berdekatan dengan klad Bos javanicus CERZA (JN632606.1) dan sapi bali (PQ130485.1). Penelitian ini menunjukkan bahwa penanda DNA mitokondria parsial mampu menghasilkan topologi pohon filogenetik yang serupa dengan genom mitokondria lengkap, namun nilai bootstrap yang dihasilkan dari penanda parsial cenderung lebih rendah. Hal ini menunjukkan bahwa penggunaan genom mitokondria lengkap tetap lebih unggul dan memberikan akurasi yang lebih tinggi.