Keragaman Gen Heat Shock Protein 70 (HSP70) daerah Coding Sequence (CDS) pada Sapi Bali

Abstract

Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan SNP di daerah coding sequence (CDS) gen HSP70 dan asosiasinya terhadap respon fisiologis pada sapi bali. Sebanyak 71 sampel darah dan 62 sampel respon fisiologis sapi bali yang berasal dari dua lokasi berbeda dikoleksi. Sampel darah diekstraksi menggunakan kit Promega untuk mendapatkan genom total. Penentuan genotipe gen HSP70 CDS dianalisis menggunakan metode PCR dan direct-sequencing. Frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg, dihitung menggunakan program Popgen32. Perbedaan antar respon fisiolgis yang berasal dari dua lokasi berbeda dan asosiasi antara SNP dengan respon fisiologis sapi bali dilakukan dengan menggunakan uji-t. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa respon fisiologis sapi bali dalam penelitian ini menunjukkan perbedaan yang signifikan (p<0,05) berdasarkan perbedaan lokasi, sapi yang dipelihara di Serading mengalami stres panas. Hasil analisis HSP70 CDS mendapatkan sembilan SNP dalam wilayah CDS gen HSP70, yang terdiri dari delapan SNP synonimous (c.24C>T, c.31C>T, c.117C>A, c.126G>A, c.324G>A, c.333C>T, c.573G>C, c.1074C>T) dan satu SNP non-synonimous (c.1265C>T), yang menyebabkan substitusi asam amino dari treonin (T) menjadi metionin (M). SNP Gen HSP70 bersifat polimorfik, heterozigositas rendah dan mayoritas berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosiasi respon fisiologis sapi bali dengan SNP HSP70 CDS menunjukkan bahwa di kedua lokasi tidak ada perbedaan pengaruh genotip pada seluruh SNP yang ditemukan (P>0.05). Hasil penelitian ini desimpulan bahwa Keragaman genetik pada gen HSP70 CDS pada sapi bali ditemukan sembilan SNP, terdiri atas delapan SNP synonimous dan satu SNP nonsynonimous c.1265C>T mengubah asam amino treonin (T) menjadi metionin (M). SNP HSP70 CDS bersifat polimorfik. SNP pada Gen HSP70 daerah coding sequence tidak memiliki asosiasi dengan respons fisiologis sapi bali yang berasal dari dua lokasi berbeda.