Penentuan SNP Ekson 5 TYR Sebagai Pengontrol Sifat Albino Sapi bali.

Abstract

Sapi bali normal memiliki warna hitam dan kemerahan. Sapi bali betina memiliki warna kemerahan sedangkan untuk sapi bali jantan memiliki warna kehitaman. Namun terdapat sapi bali yang mengalami warna abnormalitas yaitu warna albino di Desa Taro sehingga dinamakan sapi taro. Warna albino terjadi akibat adanya faktor genetik. Gen TYR berperan penting dalam menghasilkan warna kulit dan berperan untuk menghasilkan asam amino yang bertanggung jawab dalam pembentukan enzim tyrosinase. Enzim tyrosinase membantu dalam proses sintesis melanin. Warna rambut yang bervariasi disebabkan oleh zat melanin. Apabila terjadi mutasi pada gen TYR maka akan menyebabkan berkurangnya produksi asam amino yang bertanggung jawab dalam pembentukan enzim tyrosinase. Penelitian ini bertujuan untuk mencari mutasi sebagai penyebab dari munculnya warna albino pada sapi taro, dimana penyebab ini akan menghasilkan penanda genetik untuk keperluan pengembangan sapi taro di Desa Taro serta untuk menghindari munculnya albino diluar Desa Taro. Penanda genetik ini untuk keperluan pembibitan berdasarkan Standar Nasional Indonesia (SNI). Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan Agustus sampai November 2023 di Laboratorium Genomik KST Soekarno BRIN, Cibinong. Metode yang digunakan yaitu PCR dan PCR-RFLP. Metode PCR dilanjutkan dengan sekuensing menggunakan 29 sampel DNA yang terdiri dari 17 sapi taro, 12 sampel DNA dari 3 bangsa sapi (bali, simental, dan PO) sebagai pembanding sedangkan metode RFLP menggunakan 56 sampel DNA (17 taro, 31 bali, 4 simental, 4 PO). Semua sampel DNA dikoleksi dari darah segar dan diekstraksi menggunakan Kit Ektraksi DNA. Ampilifikasi dari gen TYR menggunakan primer forward dan reverse dengan panjang amplikon 320 bp dan disekuensing menggunakan metode Sanger (Jasa). PCR-RFLP ditambahkan enzim pemotong yaitu Acil. Penentuan keragaman gen TYR dianalisis melalui data sekuensing, dilanjutkan analisis dengan software Bioedit dan Mega 11 untuk mengidentifikasi adanya SNP pada ekson 5 gen TYR. SNP dianalisis dari hasil PCR-RFLP. Hasil penelitian menunjukan bahwa ekson 5 gen TYR dari sapi taro ditemukan pita sepanjang 320 bp. SNP diperoleh pada 2 posisi yaitu c.1407 A>G and c.1467 T>C. Posisi ini sebelumnya belum pernah dilaporkan dalam website ensemble. Namun titik SNP yang ditemukan di ekson 5 gen TYR belum dapat membedakan antara sapi taro dengan sapi bali berwarna rambut yang normal. Penelitian lanjutan diperlukan pada ekson lainnya dari gen TYR maupun gen yang terlibat dalam penentuan sifat albino pada sapi bali.

Bali cattle have a black and red color. Female Bali cattle have a red color while for male Bali cattle have a white color. But there is a Bali cattle that has an abnormalities coat color in the village of Taro so it is called a Taro cattle. Albinism is caused by genetic factors. The TYR gene plays an important role in producing skin color and is responsible for producing the amino acids for the formation of the tyrosinase enzyme. The research was aimed at finding a mutation that causes the appearance of albinism color in Taro cattle, where this cause will produce a genetic marker for Taro breeding purposes in Taro Village as well as to prevent albinism appearances outside Taro village based on Indonesian National Standards (SNI). The research was conducted from August to November 2023 at the KST Genome Laboratory Soekarno BRIN, Cibinong. The methods used were PCR and PCR-RFLP. The PCR method continued with sequencing using 29 DNA samples consisting of 17 Taro cattle, and 12 DNA samples from other 3 cattle breeds (Bali, Simental, and PO) as comparisons while the RFLP method used 56 DNA samples (17 Taro, 31 Bali, 4 Simental, 4 PO). All DNA samples were collected from fresh blood and extracted using the DNA Extraction Kit. Amplification of the TYR gene used forward and reverse primary with an amplicon length of 320 bp and sequenced using the Sanger method (Service). PCR-RFLP added an Acil restriction enzyme. The determination of the TYR gene diversity was analyzed through sequencing data, followed by analysis with Bioedit and Mega 11 software to identify the presence of SNP on the 5 exons of TYR genes. SNP was analyzed from the results of PCR-RFLP. The results of the research showed that the TYR gene (exon 5) of taro cattle was found along 320 bp. SNPs were obtained at 2 positions namely c.1407 A>G and c.1467 T>C. This position has not been previously on the ensemble website. However, the SNP point found the TYR gene (exon 5) has not been able to distinguish between a Taro cattle and a normal Bali cattle. Further research is needed on other exons of the TYR gene as well as genes involved in the determination of albinism traits in Bali cattle.