Analisis keragaman genetik rizobakteri penghasil asam indol asetat asal Sukabumi menggunakan ARDRA Gen 16S rRNA

Abstract

Rizobakteri merupakan mikroorganisme menguntungkan yang hidup berkoloni di lapisan tanah tipis sekitar zona perakaran yang memiliki kemampuan meningkatkan pertumbuhan tanaman dengan menghasilkan hormon asam indol asetat (AIA). Kestabilan dan keanekaragaman rizobakteri dapat terancam seiring penggunaan pupuk sintetis dan pestisida dalam frekuensi yang tinggi. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi keragaman genetik rizobakteri penghasil asam indol asetat yang diisolasi dari lahan pertanian Sukabumi menggunakan ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis). Hormon AIA tertinggi dimiliki oleh isolat asal tanah tanaman singkong daerah Makasari dengan konsentrasi 376.86 ppm. Hasil analisis ARDRA diharapkan dapat bermanfaat sebagai penambah kultur koleksi rizobakteri. Keragaman genetik rizobakteri dianalisis menggunakan ARDRA dengan enzim restriksi Rsal. Enzim ini membentuk 5 pola pita pada 8 isolat bakteri terpilih. Keragaman genetik yang dihasilkan dapat dinyatakan kurang beragam dilihat dari sedikitnya kelompok dan Filotipe yang terbentuk pada pohon filogenetik, namun memiliki kekerabatan yang cukup dekat. Berdasarkan hasil sekuensing gen 16S rRNA diketahui kedua isolat sampel rizobakteri yaitu SC 2 dan SM 1 termasuk dalam spesies yang sama, yaitu Bacillus amyloliquefaciens FZB42 and B. amyloliquefaciens MPA 1034.