Analisis gen soluble metan monooksigenase (sMMO) bakteri metanotrof asal sawah dengan primer 534f dan 1393r
View/ Open
Date
2012Author
Kusumaningtyas, Tri Lugina
Rusmana, Iman
Akhdiya, Alina
Metadata
Show full item recordAbstract
Bakteri metanotrof merupakan bakteri Gram negatif, bersifat aerob, dan menggunakan metan
sebagai sumber karbon untuk menghasilkan energinya. Karakteristik penting dari metanotrof ini
ialah memiliki enzim metan monooksigenase (MMO) yang dapat mengkatalisis metan menjadi
metanol. Enzim MMO terbagi ke dalam dua tipe, yaitu particulate MMO (pMMO) dan soluble
MMO (sMMO). Semua bakteri metanotrof mampu mengekspresikan enzim pMMO, namun
sMMO hanya dimiliki beberapa bakteri metanotrof saja. Isolat-isolat bakteri metanotrof (BGM 1,
BGM 5, BGM 9,dan SKM 14) yang berasal dari sawah Bogor dan Sukabumi, hanya isolat BGM 9
yang menunjukkan adanya aktivitas enzim sMMO dengan metode Cholorimetric Plate Assay.
Fragmen amplikon dari BGM 9 diamplifikasi dan disekuensing. Sekuen yang diperoleh dianalisis
dengan menggunakan perangkat bioinformatik seperti BLAST-N dan BLAST-X. Analisis sekuen
amplikon menggunakan program BLAST-N dan BLAST-X berturut-turut menunjukkan
kemiripan dengan sekuen pada genom Azorhizobium caulinodans ORS 571 (92%) dan gen protein
S3 pada ribosom 30S Xanthobacter autotrophicus Py2 (90%). Ketidaksesuaian hasil analisis
tersebut dengan gen target diduga disebabkan oleh primer yang kurang spesifik dan keterbatasan
informasi database di genetik tentang mikroba dari daerah tropis.
Collections
- UT - Biology [2065]