Analisis gen soluble metan monooksigenase (sMMO) bakteri metanotrof asal sawah dengan primer 534f dan 1393r

Abstract

Bakteri metanotrof merupakan bakteri Gram negatif, bersifat aerob, dan menggunakan metan sebagai sumber karbon untuk menghasilkan energinya. Karakteristik penting dari metanotrof ini ialah memiliki enzim metan monooksigenase (MMO) yang dapat mengkatalisis metan menjadi metanol. Enzim MMO terbagi ke dalam dua tipe, yaitu particulate MMO (pMMO) dan soluble MMO (sMMO). Semua bakteri metanotrof mampu mengekspresikan enzim pMMO, namun sMMO hanya dimiliki beberapa bakteri metanotrof saja. Isolat-isolat bakteri metanotrof (BGM 1, BGM 5, BGM 9,dan SKM 14) yang berasal dari sawah Bogor dan Sukabumi, hanya isolat BGM 9 yang menunjukkan adanya aktivitas enzim sMMO dengan metode Cholorimetric Plate Assay. Fragmen amplikon dari BGM 9 diamplifikasi dan disekuensing. Sekuen yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan perangkat bioinformatik seperti BLAST-N dan BLAST-X. Analisis sekuen amplikon menggunakan program BLAST-N dan BLAST-X berturut-turut menunjukkan kemiripan dengan sekuen pada genom Azorhizobium caulinodans ORS 571 (92%) dan gen protein S3 pada ribosom 30S Xanthobacter autotrophicus Py2 (90%). Ketidaksesuaian hasil analisis tersebut dengan gen target diduga disebabkan oleh primer yang kurang spesifik dan keterbatasan informasi database di genetik tentang mikroba dari daerah tropis.