Variasi genetik Scirpophaga incertulas (Walker) berdasarkan gen cytochrome oxidase 2

Abstract

Scirpophaga incertulas (penggerek batang padi kuning) merupakan hama utama padi yang menjadikan padi sebagai inang satu-satunya serangga ini. Spesies tersebut pada saat fase larva merusak tanaman padi dengan menggerek bagian pelepah daun dan batang. Dalam upaya pengendalian hama utama padi tersebut, analisis berdasarkan suatu gen dapat digunakan sebagai monitoring untuk memantau suatu populasi suatu organisme. Belum adanya data genetik S. incertulas pada daerah gen cytochrome oxidase 2 (cox2) di Indonesia maka penelitian ini bertujuan untuk mempelajari variasi genetik S. incertulas berdasarkan gen cox2 dengan metode sekuens DNA. Eksplorasi S. incertulas dilakukan di daerah Bogor dan areal persawahan pantai utara Jawa Barat: Karawang, Indramayu dan Cirebon. Variasi genetik S. incertulas berdasarkan gen cox2 ditemukan sebanyak empat haplotipe. Haplotipe 1 merupakan haplotipe umum yang ditemukan dibanyak sampel dari keempat daerah yang dieksplorasi (Bogor, Karawang, dan Indramayu). Haplotipe 2, 3 dan 4 berturut-turut ditemukan pada S. incertulas populasi Bogor (Sc11Bg), Karawang (Sc24Kr) dan Cirebon (Sc1Cb). Haplotipe 2 dicirikan dengan adanya nukleotida A pada posisi nukleotida ke-162. Haplotipe 3 dicirikan dengan adanya nukleotida G pada posisi ke-51 dan haplotipe 4 dicirikan dengan adanya nukleotida C pada posisi nukleotida ke- 63. Variasi yang terjadi antar individu dalam satu populasi hanya terjadi di daerah Bogor dan Karawang. ABSTRACT