Keragaman Gen Myostatin (MSTN) pada Sapi Peranakan Ongole dan Asosiasinya dengan Bobot Badan

Abstract

Sapi Peranakan Ongole (PO) merupakan salah satu sumber daya genetik ternak lokal sebagai penghasil daging. Sapi PO berpotensi untuk dikembangkan di Indonesia karena telah beradaptasi pada kondisi iklim marginal di Indonesia sejak tahun 1930. Kemampuan adaptasi yang baik pada kondisi iklim marginal mendukung kemampuan sapi PO tumbuh secara efisien. Salah satu faktor yang mengontrol pertumbuhan otot yaitu protein atau gen myostatin (MSTN). Gen MSTN berperan dalam kontrol negatif terhadap pertumbuhan otot. Defisiensi atau mutasi gen MSTN akan membawa dampak terhadap pertumbuhan otot, salah satunya adalah hipertropi atau pertumbuhan otot secara berlebih. Berdasarkan hasil sequencing telah ditemukan mutasi atau SNP gen MSTN pada sapi PO ekson 1, yakni SNPc.111G>C (rs523392653) dan SNPc.267G>A (rs383271508). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen MSTN dengan metode PCR-RFLP dan melihat asosiasinya dengan bobot lahir, bobot sapih, dan pertumbuhan pada sapi PO. Sebanyak 77 sampel darah sapi PO yang terdiri atas 38 betina dan 39 jantan berasal dari BPPIB-TSP Ciamis. Sampel darah diekstraksi menggunakan kit dari Geneaid sehingga menghasilkan isolasi DNA sapi PO yang murni. Keragaman gen MSTN dianalisis dengan metode PCR-RFLP menggunakan dua enzim restriksi, yakni HaeIII (GGCC) dan AluI (AGCT). Hasil analisis seperti frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg dihitung dengan program Popgen32. Hasil keragaman SNPc.111G>C dan SNPc.267G>A pada gen MSTN diasosiasikan dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan menggunakan metode uji-t dengan bantuan program SAS. Amplifikasi sekuens gen MSTN melalui PCR menghasilkan panjang produk sebesar 608 bp. Hasil pemotongan dengan enzim HaeIII pada SNPc.111G>C menghasilkan dua alel (G dan C) dengan tiga genotipe CC, CG, dan GG. Hasil pemotongan sekuen gen MSTN dengan enzim AluI terhadap SNPc267G>A menghasilkan dua alel (A dan C) dengan tiga genotipe AA, AG, dan GG. Frekuensi alel SNPc.267G>A dan SNPc.111G>C tidak berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Keragaman SNPc.267G>A pada sapi PO betina dan jantan tidak berasosiasi dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan. SNPc.111G>C pada sapi PO betina tidak berasosiasi dengan ketiga sifat yang diamati, akan tetapi pada sapi PO jantan SNP ini berasosiasi nyata (P<0,05) dengan bobot sapih dan laju pertumbuhan. Genotipe GG berpeluang sebagai kandidat marka genetik seleksi calon pejantan sapi PO.