Penentuan Keragaman SNP c.795A>G Gen PLAG1 dengan Metode PCR-RFLP dan Asosiasinya dengan Bobot Lahir pada Sapi Bali

Abstract

Sapi bali merupakan salah satu contoh sapi pedaging asli Indonesia yang memiliki keanekaragaman tinggi dan sebagai sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Sumber daya genetik ternak sapi bali ini dapat dimanfaatkan untuk memenuhi kebutuhan konsumsi daging di Indonesia, tetapi potensi ini belum ditingkatkan secara optimal. Sapi bali berpotensi untuk dikembangkan dan ditingkatkan produktivitasnya, yaitu dengan seleksi pada tingkat molekuler. Salah satu gen yang berhubungan dengan pertumbuhan yaitu gen Pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1). Gen PLAG1 merupakan salah satu gen pengontrol pertumbuhan dan ukuran tubuh. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen PLAG1 dengan metode PCR-RFLP dan asosiasinya dengan bobot lahir pada sapi bali. Sampel yang digunakan sebanyak 104 sampel yang terdiri dari 66 ekor sapi bali BPTU-HPT Denpasar dan 38 ekor sapi bali BPT-HMT Serading. Sapi yang dipilih untuk diuji keragaman genetiknya ini adalah sapi yang memiliki data bobot lahir. Analisis keragaman gen PLAG1 menggunakan metode PCR-RFLP dengan enzim restriksi Sac1. Program Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Uji GLM digunakan untuk menganalisis asosiasi SNP c.795A>G gen PLAG1 dengan bobot lahir pada sapi bali. Amplifikasi fragmen gen PLAG1 menghasilkan panjang produk PCR sebesar 776 bp dan 2 alel. Genotipe yang dihasilkan adalah AA (562 bp dan 182 bp), AG (562 bp, 182 bp, dan 104 bp), dan GG (562 bp dan 104 bp). Gen PLAG1 pada sapi bali bersifat polimorfik. Frekuensi alel sapi bali di BPTU-HPT Denpasar dan BPT-HMT Serading berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg dengan frekuensi alel tertinggi adalah alel G di kedua lokasi. Genotipe dari SNP c.795A>G gen PLAG1 berasosiasi dengan bobot lahir pada sapi bali. Genotipe AG memiliki bobot lahir tertinggi dengan alel A sebagai penentu bobot lahir tinggi.

Bali cattle are one of the examples of native Indonesian beef cattle that have high diversity and are a genetic resource for native Indonesian cattle. The genetic resources of Bali cattle can be utilized to meet the needs of meat consumption in Indonesia, but this potential has not been optimally increased. Bali cattle have the potential to be developed and increase their productivity by selection at the molecular level. One of the genes associated with growth is the Pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1). The PLAG1 gene is one of the genes that control growth and body size. This study aimed to analyze the polymorphism of the PLAG1 gene using PCR-RFLP and its association with birth weight in Bali cattle. The total sample used was 104 samples consisting of 66 Bali cattle from BPTU-HPT Denpasar and 38 Bali cattle from BPT-HMT Serading. The selected cattle to be tested for genetic polymorphism are cattle that have birth weight data. Analysis of PLAG1 gene polymorphism was carried out using PCR-RFLP and Sac1 restriction enzyme. Popgen32 was used to analyze the genotype and allele frequencies, heterozygosity, and Hardy-Weinberg equilibrium. General Linear Model was used to analyze the association of SNP c.795A>G PLAG1 gene with birth weight in Bali cattle. PLAG1 gene amplification resulted from 776 bp fragments and 2 alleles. The PLAG1 gene consisted of three genotypes i.e. AA (562 bp and 182 bp), AG (562 bp, 182 bp, and 104 bp), and GG (562 bp and 104 bp). The PLAG1 gene in Bali cattle was polymorphic. The allele frequencies of Bali cattle in BPTU-HPT Denpasar and BPT-HMT Serading were in Hardy-Weinberg equilibrium with the highest allele being the G allele. The genotypes of the SNP c.795A>G PLAG1 gene were associated with birth weight in Bali cattle. The A allele is a determinant of high birth weight in Bali cattle where the AG genotype has the highest birth weight.