Keragaman Gen Thy-1 dan Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Penyakit pada Calon Galur Ayam IPB D2

Abstract

Ayam IPB D2 merupakan calon galur baru yang dibentuk dari hasil seleksi ayam IPB D1 berdasarkan immunocompetence terkait sifat ketahanan tubuh, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND, untuk menghasilkan ayam IPB D1 yang lebih tahan terhadap penyakit. Ayam IPB D1 merupakan rumpun baru ayam lokal komposit yang resmi dilepas oleh Kementrian Pertanian Republik Indonesia. Ayam IPB D2 memiliki keunggulan karena diseleksi berdasarkan konsentrasi total IgY ≥ 10 mg/mL dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Immunoglobulin Yolk (IgY) merupakan antibodi yang dominan pada ayam serta berperan penting dalam melawan infeksi penyakit secara umum. Titer antibodi ND merupakan antibodi spesifik yang berperan melawan infeksi penyakit spesifik yang disebabkan virus ND atau penyakit tetelo. Gen Thy-1 merupakan salah satu gen yang termasuk dalam superfamily immunoglobulin. Fungsi spesifik dari gen Thy-1 masih belum diketahui terutama pada ayam, tetapi pada tikus gen ini berperan pada fungsi imunologis yaitu dalam aktivasi sel T. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman gen Thy-1 pada ayam IPB D2 dan dilakukan analisis hubungan antara keragaman gen Thy-1 dengan indikator ketahanan penyakit, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Terdapat dua populasi ayam IPB D2 yang digunakan pada penelitian ini, yaitu generasi dasar (G0) dan generasi kedua (G2). Penelitian dilakukan dengan metode PCR, sekuensing DNA, uji ELISA, dan uji HI. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada sekuen target gen Thy-1 yaitu g.2139 C>T (intron 2) dan g.2542 A>G (intron 3). Semua SNP bersifat polimorfik. SNP g.2139 C>T genotipe CT (IPB D2 G2) berasosiasi dengan konsentrasi total IgY dan dapat dijadikan kandidat penanda genetik untuk konsentrasi total IgY tinggi, namun tidak berasosiasi dengan titer antibodi ND. Kombinasi 2 SNP membentuk 4 haplotipe. Haplotipe 4 merupakan haplotipe yang tidak mengalami mutasi. Tidak terdapat hubungan antara keragaman haplotipe gen Thy-1 dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND pada ayam IPB D2.