Keragaman Gen Myostatin dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali

Abstract

Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi pedaging asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan jika dibandingkan dengan sapi lokal lainnya karena pruduktivitas dan reproduksinya yang lebih tinggi dan dapat beradaptasi pada lingkungan marjinal. Gen Myostatin (MSTN) atau yang dikenal dengan Growth Differentiation Factor-8 (GDF-8) merupakan anggota dari TGF-β yang memegang peran penting dalam mengatur pertumbuhan otot serta kualitas daging. Pada sapi gen MSTN terletak di kromosom 2, memiliki 3 ekson dan 2 intron dengan panjang total 6 646 pb serta memiliki 375 asam amino. Apabila terjadi mutasi maka akan menyebabkan tidak berperannya gen MSTN di dalam sel yang akan menyebabkan terjadinya hipertrofi dan hiperplasia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) dan mengasosiasikannya dengan sifat pertumbuhan. Sampel darah diambil dari 52 ekor sapi bali jantan yang berasal dari BPTUHPT Denpasar, Provinsi Bali dan 10 ekor sapi limosin yang berasal dari BPTUHPT Padang Mangatas, Provinsi Sumatera Barat sebagai pembanding. Analisis DNA dilakukan secara bertahap yaitu mulai dari mengekstraksi DNA, mengamplifikasi gen MSTN dengan metode PCR dan melakukan sekuensing. Data hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan menggunakan FinchTV, BioEdit dan MEGA7. Asosiasi keragaman gen MSTN terhadap sifat pertumbuhan meliputi bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, bobot 730 hari dan pertambahan berat badan dilakukan dengan menggunakan uji-t menggunakan SAS 9.4. Amplifikasi gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) pada sapi bali dan sapi limosin berhasil dilakukan pada suhu 55 oC, 56 oC dan 60 oC dengan panjang produk 608 pb, 622 pb dan 451 pb. Dalam penelitian ini ditemukan 18 SNP pada sapi bali dan 12 SNP pada sapi limosin. Frekuensi alel SNP yang ditemukan pada sapi bali berada dalam keadaan equilibrium, sedangkan 12 SNP yang ditemukan pada sapi limosin secara umum juga dalam keseimbangan Hardy- Weinberg kecuali pada SNP c.2411 C>T. Terdapat 3 SNP yaitu c.4900 T>G, c.4905 C>G dan c.4907 C>G yang berpengaruh nyata (P<0.05) terhadap bobot lahir pada sapi bali. Hasil penelitian yang mengungkap hubungan antara beberapa SNP gen MSTN yang berasosiasi dengan bobot lahir diharapkan dapat dijadikan sebagai kandidat penanda genetik bobot lahir sapi bali.