Polimorfisme Genetik serta Diferensiasi Sapi Madura Karapan dan Sapi Madura Pedaging Menggunakan DNA Mitokondria D-loop
View/ Open
Date
2020Author
Farizaldi, Ardian
Farajallah, Achmad
Perwitasari, Dyah
Metadata
Show full item recordAbstract
Sapi Madura merupakan salah satu sapi potong asli Indonesia yang
berkembang baik di agroekosistem kering. Sapi Madura merupakan persilangan
antara banteng (Bos javanicus) dan sapi zebu (Bos indicus). Sapi madura
dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi
balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Adanya seleksi ini diduga dapat
membuat karakter morfologi dan genotipe antara sapi karapan dan sonok menjadi
berbeda dari sapi madura pedaging. Penggunaan mitokondria DNA D-loop sudah
banyak dilakukan untuk mempelajari kekerabatan sapi Madura dengan B. indicus dan
B. javanicus, tetapi belum spesifik membedakan antara sapi karapan dan sapi
pedaging. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbedaan karakter morfologi
dan polimorfisme genetik serta mempelajari diferensiasi sapi Madura karapan dan
sapi Madura pedaging menggunakan DNA mitokondria D-loop. Sampel darah sapi
Madura diamplifikasi dengan primer AF22 (forward)
5'GCGTACGCAATCTTACGATCA3' dan AF23 (reverse)
5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC3'. Hasil sekuens dianalisis dan dibuat
rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan ruas mtDNA D-loop menggunakan
metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Sapi Madura pedaging
memiliki ruas berulang (tandem repeat) dengan runutan GTACATAATATTAAT
dan GTAATAA. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan ruas D-loop
menunjukkan bahwa sapi Madura terbagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok
B. indicus dan kelompok B. javanicus CERZA. Sampel sapi karapan mengelompok
dengan B. indicus sedangkan sampel sapi pedaging mengelompok dengan B.
javanicus.
Collections
- UT - Biology [2145]