Polimorfisme Genetik serta Diferensiasi Sapi Madura Karapan dan Sapi Madura Pedaging Menggunakan DNA Mitokondria D-loop

Abstract

Sapi Madura merupakan salah satu sapi potong asli Indonesia yang berkembang baik di agroekosistem kering. Sapi Madura merupakan persilangan antara banteng (Bos javanicus) dan sapi zebu (Bos indicus). Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Adanya seleksi ini diduga dapat membuat karakter morfologi dan genotipe antara sapi karapan dan sonok menjadi berbeda dari sapi madura pedaging. Penggunaan mitokondria DNA D-loop sudah banyak dilakukan untuk mempelajari kekerabatan sapi Madura dengan B. indicus dan B. javanicus, tetapi belum spesifik membedakan antara sapi karapan dan sapi pedaging. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbedaan karakter morfologi dan polimorfisme genetik serta mempelajari diferensiasi sapi Madura karapan dan sapi Madura pedaging menggunakan DNA mitokondria D-loop. Sampel darah sapi Madura diamplifikasi dengan primer AF22 (forward) 5'GCGTACGCAATCTTACGATCA3' dan AF23 (reverse) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC3'. Hasil sekuens dianalisis dan dibuat rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan ruas mtDNA D-loop menggunakan metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Sapi Madura pedaging memiliki ruas berulang (tandem repeat) dengan runutan GTACATAATATTAAT dan GTAATAA. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan ruas D-loop menunjukkan bahwa sapi Madura terbagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok B. indicus dan kelompok B. javanicus CERZA. Sampel sapi karapan mengelompok dengan B. indicus sedangkan sampel sapi pedaging mengelompok dengan B. javanicus.