Kloning Sekuens Parsial dan Analisis Ekspresi Gen Insulin-Like Growth Factor (IGF-I) pada Pertumbuhan Ikan Nilem Osteochilus hasselti.

Abstract

Ikan nilem termasuk komoditas budidaya ikan air tawar di Indonesia. Pertumbuhan merupakan salah satu faktor yang menentukan keberhasilan budidaya ikan nilem. Salah satu gen yang berperan dalam regulasi pertumbuhan ialah insulin-like growth factors-I (IGF-I). Gen IGF-I diduga bertanggung jawab terhadap perbedaan pertumbuhan ikan dalam satu populasi dan dapat digunakan sebagai salah satu metode untuk seleksi ikan dengan pertumbuhan yang cepat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan sekuenss parsial gen IGF-I dan menganalisis tingkat ekspresinya pada ikan nilem berukuran besar dan kecil. Ikan nilem yang telah berumur empat minggu dari pemijahan massal dipelihara selama empat bulan. Pemeliharaan ikan dikelompokkan menjadi dua kelompok, yaitu yang berukuran panjang total 6,15±0,8 cm (kecil) dan 11,3±1,01 cm (besar) untuk analisis ekspresi gen. Sekuens gen IGF-I diisolasi menggunakan primer yang didesain berdasarkan pangkalan data bank gen. cDNA disintesis dari mRNA yang diekstraksi dari organ hati. Pada hari terakhir pemeliharaan, masing-masing sebanyak empat ekor ikan berukuran besar dan kecil dibedah, kemudian organ hatinya diambil pada jam ke-0, ke-3, ke-6, dan ke-12 setelah pemberian pakan untuk ekstraksi RNA total. Analisis tingkat ekspresi dilakukan menggunakan metode semi kuantitatif PCR. Hasil analisis sekuenssing menunjukkan bahwa susunan nukleotida parsial IGF-I ikan nilem berukuran 267 bp yang menyandikan 88 asam amino residu. Sekuens nukleotida dan asam amino residu IGF-I tersebut memiliki kesamaan 86,6-93,5% dengan ikan kelompok cyprinids. Tingkat ekspresi relatif mRNA IGF-I/β-aktin ikan kelompok besar lebih tinggi dibandingkan kelompok kecil. Peningkatan ekspresi gen terjadi pada jam ke-3 setelah pemberian pakan. Dengan demikian, gen IGF-I berpotensi digunakan sebagai marka molekuler dalam seleksi untuk menghasilkan ikan nilem yang tumbuh cepat.