| dc.description.abstract | Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.) merupakan nematoda parasit yang
menyerang akar maupun umbi, salah satunya pada umbi kentang. Identifikasi
Meloidogyne spp. dengan perunutan nukleotida dan asam amino gen CO1 di
Indonesia masih belum dilakukan. Penelitian ini bertujuan mendesain dan menguji
primer spesifik CO1 M. arenaria dan M. incognita dengan teknik PCR, serta
melakukan perunutan nukleotida dan asam amino asal Banjarnegara, Jawa Tengah.
Metode penelitian, yaitu penentuan lokasi pengambilan sampel dan pengamatan
tanaman bergejala, isolasi nematoda Meloidogyne asal umbi kentang, ekstraksi
DNA nematoda, perancangan primer, amplifikasi DNA, elektroforesis DNA
nematoda, analisis perunutan nukleotida, asam amino, dan filogeneika. Analisis
perunutan nukleotida, asam amino, dan filogeneika menggunakan program BLAST,
Bioedit versi 7.0.5 dan MEGA versi 7.0. Perancangan primer spesifik dilakukan
untuk dua spesies Meloidogyne spp., yaitu M. incognita dan M. arenaria. Deteksi
dilakukan pada sampel nematoda yang berasal dari tiga desa yaitu Desa Wanayasa,
Desa Batur, dan Desa Wanayasa. Meloidogyne spp. dengan target gen CO1 berhasil
diamplifikasi dengan pasangan primer spesifik M. arenaria forward (5’-GGG TAC
TGG ATG AAC ATT A-3’) dan reverse (5’-ACT TCA GGA TGA CCA AA-3’).
M. incognita dengan pasangan forward (5’-GCC TGC ATT TGG TTT AG-3’) dan
reverse (5’-TCA AAC CAG AAA GTC CT-3’). M. arenaria diamplifikasi dengan
ukuran fragmen sekitar ± 360 bp dan M. incognita ± 326 bp. Hasil analisis
perunutan M. arenaria dengan ukuran 241 basa nukleotida, dan diterjemahkan
menjadi 79 asam amino. Selanjutnya, M. incognita dengan ukuran 234 basa
nukleotida dan 68 asam amino. Hasil analisis bahwa isolat asal Indonesia memiliki
homologi M. arenaria 99.5% nukleotida dan 100% asam amino dengan negara
Amerika Serikat, Belgia, dan Argentina. M. incognita nukleotida dan asam amino
100% dengan negara Amerika Serikat, Afrika Selatan, Belgia, dan Cina. | id |
