Perancangan Primer untuk Mengamplifikasi Gen Cytochrome Oxydase Subunit 1 (CO1) Nematoda Puru Akar Meloidogyne arenaria dan Meloidogyne incognita.

Abstract

Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.) merupakan nematoda parasit yang menyerang akar maupun umbi, salah satunya pada umbi kentang. Identifikasi Meloidogyne spp. dengan perunutan nukleotida dan asam amino gen CO1 di Indonesia masih belum dilakukan. Penelitian ini bertujuan mendesain dan menguji primer spesifik CO1 M. arenaria dan M. incognita dengan teknik PCR, serta melakukan perunutan nukleotida dan asam amino asal Banjarnegara, Jawa Tengah. Metode penelitian, yaitu penentuan lokasi pengambilan sampel dan pengamatan tanaman bergejala, isolasi nematoda Meloidogyne asal umbi kentang, ekstraksi DNA nematoda, perancangan primer, amplifikasi DNA, elektroforesis DNA nematoda, analisis perunutan nukleotida, asam amino, dan filogeneika. Analisis perunutan nukleotida, asam amino, dan filogeneika menggunakan program BLAST, Bioedit versi 7.0.5 dan MEGA versi 7.0. Perancangan primer spesifik dilakukan untuk dua spesies Meloidogyne spp., yaitu M. incognita dan M. arenaria. Deteksi dilakukan pada sampel nematoda yang berasal dari tiga desa yaitu Desa Wanayasa, Desa Batur, dan Desa Wanayasa. Meloidogyne spp. dengan target gen CO1 berhasil diamplifikasi dengan pasangan primer spesifik M. arenaria forward (5’-GGG TAC TGG ATG AAC ATT A-3’) dan reverse (5’-ACT TCA GGA TGA CCA AA-3’). M. incognita dengan pasangan forward (5’-GCC TGC ATT TGG TTT AG-3’) dan reverse (5’-TCA AAC CAG AAA GTC CT-3’). M. arenaria diamplifikasi dengan ukuran fragmen sekitar ± 360 bp dan M. incognita ± 326 bp. Hasil analisis perunutan M. arenaria dengan ukuran 241 basa nukleotida, dan diterjemahkan menjadi 79 asam amino. Selanjutnya, M. incognita dengan ukuran 234 basa nukleotida dan 68 asam amino. Hasil analisis bahwa isolat asal Indonesia memiliki homologi M. arenaria 99.5% nukleotida dan 100% asam amino dengan negara Amerika Serikat, Belgia, dan Argentina. M. incognita nukleotida dan asam amino 100% dengan negara Amerika Serikat, Afrika Selatan, Belgia, dan Cina.