| dc.description.abstract | dan dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. Informasi mengenai
nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan
mengidentifikasi A. besseyi berdasarkan daerah ITS dan menganalisis runutan
nukleotida dari daerah ITS. Nematoda A. besseyi diekstraksi dari 6 g benih dari
tujuh varietas padi, yaitu Ciherang, Gondo Roso, Hibrida Prima, Inpari Sidenuk,
Pertiwi, Pandan Wangi, dan Sintanur. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan
metode Corong Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi molekuler dengan
PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA,
serta analisis perunutan nukleotida. Analisis perunutan dilakukan dengan program
BLAST, ClustalW, Bioedit v.7.2.6, MEGA v.7.0. Amplifikasi DNA menggunakan
pasangan primer spesifik forward (5’-ACA ATC GAG TTG GGA GTG-3’) dan
reverse (5’-GGT CAG TGT CAT CAA TCG-3’). Hasil amplifikasi DNA A. besseyi
diperoleh fragmen berukuran sekitar 750 bp. Hasil analisis penyejajaran diperoleh
555 nukleotida. Isolat A. besseyi asal Indonesia varietas Inpari Sidenuk, Ciherang,
Hibrida Prima, dan Pandan Wangi menunjukkan homologi nukleotida 100%
dengan isolat asal Cina dan Rusia, serta varietas Sintanur, Pertiwi, dan Gondo Roso
memiliki homologi 100% dengan isolat asal India. Perbandingan homologi isolat
asal Indonesia dengan outgroup isolat A. primadentus asal Iran menunjukkan
kemiripan nukleotida 74.4%. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak
pada posisi 216, 376, dan 448. Hal tersebut menunjukkan isolat asal Indonesia
memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat
asal Cina, Rusia, dan India. | id |
