Karakterisasi Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA Nematoda Pucuk Putih (Aphelenchoides besseyi Christie).

Abstract

dan dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi A. besseyi berdasarkan daerah ITS dan menganalisis runutan nukleotida dari daerah ITS. Nematoda A. besseyi diekstraksi dari 6 g benih dari tujuh varietas padi, yaitu Ciherang, Gondo Roso, Hibrida Prima, Inpari Sidenuk, Pertiwi, Pandan Wangi, dan Sintanur. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode Corong Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi molekuler dengan PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, serta analisis perunutan nukleotida. Analisis perunutan dilakukan dengan program BLAST, ClustalW, Bioedit v.7.2.6, MEGA v.7.0. Amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer spesifik forward (5’-ACA ATC GAG TTG GGA GTG-3’) dan reverse (5’-GGT CAG TGT CAT CAA TCG-3’). Hasil amplifikasi DNA A. besseyi diperoleh fragmen berukuran sekitar 750 bp. Hasil analisis penyejajaran diperoleh 555 nukleotida. Isolat A. besseyi asal Indonesia varietas Inpari Sidenuk, Ciherang, Hibrida Prima, dan Pandan Wangi menunjukkan homologi nukleotida 100% dengan isolat asal Cina dan Rusia, serta varietas Sintanur, Pertiwi, dan Gondo Roso memiliki homologi 100% dengan isolat asal India. Perbandingan homologi isolat asal Indonesia dengan outgroup isolat A. primadentus asal Iran menunjukkan kemiripan nukleotida 74.4%. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi 216, 376, dan 448. Hal tersebut menunjukkan isolat asal Indonesia memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Cina, Rusia, dan India.