Penapisan Polimorfisme Nukleotida Tunggal Aterogenesis gen LDLR pada Macaca fascicularis dan Macaca nemestrina.

Abstract

Macaca fascicularis (monyet ekor panjang) memiliki latar belakang genetik yang beragam. M. fascicularis merupakan spesies primata yang paling umum digunakan sebagai model dalam penelitian aterosklerosis. Selain M. fascicularis, M. nemestrina (beruk) juga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai hewan model aterosklerosis. Variasi genetik dalam gen reseptor lipoprotein densitas rendah (LDLR) telah dikaitkan dengan variasi normal profil lipid plasma dan risiko penyakit jantung koroner (PJK) pada manusia. Penelitian ini bertujuan melakukan penapisan dengan menganalisis haplotipe berdasarkan SNP daerah ekson 6 gen LDLR dan menganalisis kekerabatan dengan mengkonstruksikan pohon filogenetik berdasarkan kelompok sampel sesuai dengan responsnya terhadap diet kolestrol lemak (Hiper-responder, Hiporesponder, ekstrem). Gen LDLR daerah ekson 6 diamplifikasi dengan sepasang primer forward dan reverse. Amplikon ditentukan runutan basanya dengan teknik sekuensing. Analisis daerah ekson 6 gen LDLR pada M. fascicularis dan M. nemestrina menunjukkan hasil sekuen yang identik 100% antara keduanya. Hal tersebut dapat ditunjukkan dari tidak ditemukannya SNP pada keenam sekuens. Pada hasil penyejajaran, keseluruhan sampel memiliki haplotipe I. Haplotipe yang dimiliki oleh keenam hewan tersebut berkaitan dengan sifat hiper-repons. Penggunaan ekson 6 sebagai salah satu penanda molekuler M. fascicularis dan M. nemestrina terhadap diet kolestrol dan lemak membuat seleksi hewan hipo- dari hiper-responder menjadi lebih cepat dan efisien.