Struktur Primer Parsial dan Bioinformatika Profenoloksidase Udang Vaname (Litopenaeus vannamei).

Abstract

Blackspot sangat dipengaruhi oleh adanya radiasi sinar matahari terhadap kulit udang dan umumnya terjadi pada saat panen berlangsung, apabila tidak dilakukan pendinginan setelah panen. Adanya blackspot pada udang sangat dipengaruhi oleh tingginya konsentrasi substrat tirosinase pada kulit chitin udang, oksigen molekuler, dan enzim tirosinase. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan struktur primer parsial dan bioinformatika proPO udang vaname. Sampel udang vaname diperoleh dari Fresh Market, Jakarta. Penelitian dilakukan dengan tahapan isolasi RNA udang, amplifikasi dan analisis bioinformatika. Hasil isolasi RNA profenoloksidase memiliki nilai konsentrasi 191 mg/mL dengan kemurnian 2.056. Hasil amplifikasi memperoleh gen target dengan panjang 220 bp. Hasil identifikasi merupakan spesies vaname dengan nilai identifikasi 99 dan 100%. Urutan nukleotida yang diperoleh merupakan struktur primer parsial. Prediksi struktur sekunder berupa coil sebanyak 65, helix sebanyak 21 dan strand sebanyak 36. Prediksi model tiga dimensi diperoleh 3 jenis model struktur terbaik. Peptida ligan berupa susunan ASP TRP ASP PHE LEU PRO PRO NH2. Sisi sisi yang berikatan pada residu terletak pada E19 I23 Y27 R30 P32 K50 Y51 L52 V53 P54 L57 V62 L65 R69 F106.