Variasi Genetika Onion yellow dwarf virus asal Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) dari Brebes dan Cirebon

Abstract

Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) umumnya diperbanyak secara vegetatif menggunakan umbi, sehingga status kesehatan benih yang bebas dari infeksi virus merupakan aspek yang penting. Infeksi Onion yellow dwarf virus (OYDV) dan Shallot yellow stripe virus (SYSV) telah diidentifikasi sebagai penyebab penyakit pada tanaman bawang merah. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi variasi genetika OYDV dan SYSV asal bawang merah di lapangan. Sampel daun diambil dari pertanaman bawang merah di Kabupaten Brebes dan Cirebon. Infeksi OYDV dideteksi menggunakan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), selanjutnya dipilih beberapa sampel untuk digunakan sebagai bahan identifikasi virus dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Produk amplifikasi PCR digunakan untuk sikuensing dan sikuen yang diperoleh dianalisis dengan program basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian ini menunjukkan gejala tanaman bawang merah yang terinfeksi virus yaitu bergaris kuning, daun pipih bergaris kuning pucat di tengah, mosaik hijau muda, bercak kuning, dan mosaik kuning. Infeksi OYDV di Brebes mencapai 16% dan di Cirebon mencapai 30%. Infeksi SYSV di Brebes mencapai 98% dan di Cirebon mencapai 70%. Berdasarkan hasil sikuensing DNA produk amplifikasi PCR terbukti bahwa semua sampel berasosiasi dengan OYDV. Sikuen gen CP OYDV antara isolat Brebes dan Cirebon menunjukkan kedekatan genetika yang tinggi dengan homologi nukleotida dan asam amino berturut-turut mencapai 98% dan 96%. Sikuen gen CP OYDV isolat Brebes dan Cirebon memiliki kedekatan genetika dengan isolat Jepang berdasarkan homologi nukleotida dan asam amino yaitu berturut-turut 95% dan 90%.